本基金之管理機關為本部，下設各基金之管理機關如下：
一、民航事業作業基金：本部民用航空局。
二、國道公路建設管理基金：本部高速公路局。
三、鐵道發展基金：本部鐵道局。
四、觀光發展基金：本部觀光署。
五、臺鐵局撥入資產及債務管理基金：本部鐵道局。
本基金下設各基金之管理機關應建立責任中心制度，以確保收入及控制成本，發揮財務管理功能，並使具自償性交通建設達成財務計畫設定之自償比例。