工程科掌理事項如下：
一、工程採購案件。
二、公路整建工程施工之審核、管制及考核。
三、公路整建工程品質稽查計劃之擬定、執行、檢驗及移交。
四、工程計畫年度預算之執行及管控。
五、建築工程施工之審核、管制及考核。
六、工程相關教育訓練作業。
七、工程爭議調解、仲裁或訴訟業務。
八、其他有關工程及品質管理事項。