申請適用本條例第三十六條之二第一項規定之中小企業，適用加成減除優惠之薪資費用支出應扣除政府補助款，且應以稅捐稽徵機關核定數為準。
中小企業依本辦法規定得減除之金額，減除至當年度依所得稅法及相關法令規定計算之課稅所得額為零止。
中小企業依所得稅法第二十四條規定計算之課稅所得額為負數者，不得依本辦法規定適用加成減除。