中小企業已依其他法律享有租稅優惠者，不得就同一事項重複享有本條例所定之租稅優惠；就同一事項同時符合本條例所定不同租稅優惠規定者，應擇一適用，不得重複享有。
中小企業最近三年因違反環境保護、勞工或食品安全衛生相關法律且情節重大，經各中央目的事業主管機關認定者，不得申請本條例之租稅優惠。