秘書室設四科辦事，並掌理其他不屬於各組、室事項，各單位陳判（核）文稿之審核及業務督導：
一、第一科：印信典守，文書收發、分辦、繕校、檔案之分類、管理。
二、第二科：現金、票據及有價證券之收錄、編製、出納、土地、建物、機械儀器設備、交通運輸設備、財物分類標準之雜項設施管理，公用物品之請購、檢查、保管、核發登記、報銷及廢品處理，宿舍之借用與管理及及公教住宅輔購。
三、第三科：財產、物品、儀器之採購、驗收，辦公廳舍及宿舍之營建修繕及環境清潔，公務車輛之調派、保養維修及油料之管理，警衛室之管理及勤務編排等相關安全防護，會議場所之佈置及使用管理、技工、駕駛、工友之僱用管理、考核，其他有關採購、營繕、修繕之庶務。
四、第四科：本局施政方針、施政計畫、工作計畫、工作報告之彙編及檢討，研究發展、為民服務業務及列管案件之考核，新聞資料之發布，記者會之舉辦，標準與檢驗雜誌之編輯、發行，各類視察訪問之安排聯繫。