經營輔導組分設二科辦事，其職掌如下：
一、產業輔導科：
（一）中小企業各功能之輔導體系資源整合協調事項。
（二）中小企業產銷營運管理輔導措施之擬訂及推動事項。
（三）中小企業技術應用能力輔導措施之擬訂及推動事項。
（四）中小企業各類獎項選拔表揚措施之擬訂及推動事項。
（五）協助中小企業參與政府採購之各服務措施推動事項。
二、地方服務科：
（一）地方性中小企業經濟發展輔導事項。
（二）互助合作輔導措施之擬訂、推動及協調事項。
（三）各縣市中小企業服務機構之提供協助事項。
（四）工商團體之發展及聯繫協調事項。
（五）中小企業榮譽指導員（企業服務志工）制度推動事項。
（六）中小企業訪問、諮詢服務及聯誼及有關事項。