財團法人之主管機關，除登記及清算事項外，在中央為目的事業主管機關；在直轄市為直轄市政府；在縣（市）為縣（市）政府。
全國性財團法人之業務涉及數個中央目的事業主管機關者，以其主要業務之中央目的事業主管機關為主管機關。
財團法人之設立許可、撤銷或廢止許可及監督管理等相關事項，主管機關得委任所屬機關、委託或委辦其他機關、民間團體、法人或個人辦理。