第3條本局設國家安全維護處、廉政處、經濟犯罪防制處、毒品防制處、洗錢防制處、資通安全處、國內安全調查處、保防處、國際事務處、兩岸情勢研析處、諮詢業務處、鑑識科學處、通訊監察處、督察處、總務處及公共事務室，分別掌理前條所列事項，並得分科辦事。