本處設下列科、室、站：
一、國內安全調查及諮詢科。
二、國家安全維護及保防科。
三、經濟犯罪防制科。
四、肅貪科。
五、資通安全科。
六、人事室。
七、會計室。
八、各調查站。
九、各工作站。