本部依本法第五十六條規定，對於政府捐助法人業務與財務運作狀況及投資情形，定期辦理查核，並將查核情形公布於本部網站。
政府捐助法人之董事、監察人應依本法與其授權訂定之法規、捐助章程、董事會決議事項及本部之監督命令執行職務。
第一項查核情形有不符規定者，本部得令其限期改善。