國立大學校院（以下簡稱學校）不得申請籌設財團法人，並應依本條例第九條第一項規定，將一切收支納入校務基金。
各校應就校務基金管理及運用訂定內部控制相關規章，據以建立及維持有效之內部控制制度，並由校長督促內部各單位執行。