企劃研究組掌理事項如下：
一、海洋生物科學研究及建教合作。
二、與國外博物館、國內相關機關、學校、團體之學術及館際交流合作之企劃。
三、海洋生物相關專業圖書、期刊之企劃及執行。
四、館務長期發展方向及營運管理計畫之訂定。
五、其他有關企劃研究事項。