本館掌理下列事項：
一、海洋生物科學研究、國際學術交流合作與海洋生物專業期刊之企劃及執行。
二、海洋生物科學教育之規劃與推廣、海洋科學教育出版品之編纂及發行。
三、海洋生物展示主題與特展之規劃、設計、研究、生物標本蒐集、製作、典藏及管理。
四、海洋生物育種、馴養與鑑定、魚病管理與治療、水族維生系統操作管理、保育類海洋生物之救護、收容及生態研究。
五、館區營運之管理與規劃、各項公共設施之建設、維護、景觀規劃及管理。
六、其他有關海洋生物事項。