自用保稅倉庫按月彙報案件，未依第十八條及第二十五條規定辦理者，由海關依關稅法第八十八條規定，予以警告或處新臺幣六千元以上三萬元以下罰鍰，並得命其限期改正；屆期未改正者，按次處罰；處罰三次仍未完成改正者，得停止其三個月以下進儲貨物或按月彙報。
自用保稅倉庫喪失自主管理條件者，海關得依關稅法第八十八條規定，廢止其登記。