保稅倉庫符合貨棧貨櫃集散站保稅倉庫物流中心及海關指定業者實施自主管理辦法規定，且實收資本額在新臺幣五千萬元以上者，得向海關申請核准實施自主管理。
自用保稅倉庫之設立，應具備自主管理條件始得申請核准登記。
保稅倉庫專供存儲修造飛機用器材者，其申請自主管理，得不受第一項實收資本額規定之限制。