稽查組掌理事項如下：
一、進口、出口、轉運及轉口貨櫃（物）之抽核。
二、入出境運輸工具之通關及管理。
三、入出境旅客、船員行李之檢查及通關。
四、轄區內水域、碼頭之巡緝及倉庫之監管。
五、押運業務。
六、緝私船舶與車輛等查緝設備之管理及維護。
七、違章及行政救濟案件之處理。
八、其他有關稽查事項。