綜合行政組掌理事項如下：
一、本局業務方針、施政計畫及作業手冊之彙編。
二、研究發展工作之規劃、研析、推動及管考。
三、重要業務之協調及聯繫。
四、稽徵業務考核及公文檢核作業。
五、各稅審查案件之覆核。
六、納稅服務業務之規劃、執行、督導及管制。
七、國稅稅政法令宣導之規劃、執行、督導及管制。
八、媒體公關事務之政策規劃、研擬、執行及管制。
九、其他有關綜合規劃及服務管理事項。