主計室掌理事項如下：
一、本局及所屬機構、部隊年度概（預）算、決算之編審。
二、本局年度預算分配及執行。
三、本局所得稅扣繳業務。
四、本局現金會計事務之處理及會計報告之編報。
五、本局及所屬機構、部隊內部審核業務。
六、國防部參謀本部年度預算編製、執行、審核、簽證及有關會計帳務處理。
七、其他有關國防部參謀本部與本局歲計、會計及統計事項。