主管機關應於補償協議成立或核定後十五日內，以書面通知申請人領取補償金。
但因實施本法第二十一條第四項濕地保育輔導轉作明智利用項目致有損失之申請補償案件，主管機關應查明確認已停止原使用情形後，始得核發補償金。