消毒得採用加氯消毒、紫外線消毒或臭氧消毒等方法，其消毒效果均應符合放流水標準規定。
消毒設備設置規定如下：一、採加氯消毒者：(一)氯之注入率以維持每公升放流水中餘氯零點二毫克至一點零毫克。
氯加藥率如下表：┌───────┬───────┐│下水種類│注入率(mg/l)│├───────┼───────┤│流入生污水│七－十二│├───────┼───────┤│腐敗生污水│十二－二十五│├───────┼───────┤│初沉池處理水│七－十│├───────┼───────┤│二級處理水│二－八│├───────┼───────┤│過濾處理水│一－五│└───────┴───────┘(二)加氯消毒使用之消毒劑，其貯藏數量及方法：1消毒劑之貯存量為一星期平均用量。
2貯存法採高壓鋼筒及桶裝二種，高壓鋼筒之貯存量為五十公斤及一噸裝二種；桶貯法之桶容量為十噸、十五噸、二十噸或三十噸裝液體，且應二桶以上併用，並應設置計量設備。
(三)氯消毒接觸槽之容量依計畫最大時污水量決定。
槽之構造應能使污水與藥劑充分混合。
(四)氯加藥機容量宜為平常操作量之一點二倍至一點六倍，並應有備用設備，混合裝置之接觸時間，設計從消毒劑注入後經接觸到放流口為止，至少需十五分鐘。
(五)加藥機房：1應單獨設於靠近加藥處且較地面為高之地點，不得設於地下室或低窪地，並應為採光、密閉良好之耐火、防震構造，側壁靠地面處應設氣窗，地板以混凝土建造。
2加藥機與牆壁或鄰機之間隔至少為六十公分。
3加藥管應使用光滑、耐蝕及防腐材料。
4機房內電機器具及其他金屬應加耐酸鹼處理。
(六)消毒劑貯存室：1氯氣及液氯貯存室應為耐火構造並設有氯氣檢漏及外洩時可自動關閉之安全裝置，貯存室應設於安全位置。
貯存能力在一噸以上者應與加藥機房分開，其位置應便於高壓鋼筒搬運並易於監視，且不得設於地下室或高溫處。
貯存室及加氯控制機房之空氣中含氯量不得超過每公升零點五毫克，並應設置氯氣之計量監測及警報系統裝置。
2防毒面具、急救箱及自動淋洗等裝置應設於消毒劑貯存室外，並應至少半年內定期檢視一次，必要時修護或更新之。
(七)氯氣洩漏之中和設備：1使用五十公斤高壓鋼筒裝者，應設置氯氣檢漏設備及中和反應槽。
2使用一噸裝高壓鋼筒或貯存槽者，應設置漏氣檢查器、中和反應槽及抽風機等。
3中和裝置應設於密閉室內並能充分中和氯氣，中和室之排氣應經氯氣吸收塔，並應達空氣污染物排放標準。
(八)操作室及加藥量控制設備：1操作室應設於加藥室之鄰近處。
2放流水所需加藥量應有控制設備。
3加藥機、中和設備及漏氣檢查器之儀表盤應設於同處。
(九)次氯酸鈉溶液加藥裝置：1容量依計畫最大時污水量與加藥率決定。
2加藥機採用隔膜式或噴射式，其容量依下式計算，臺數依水量與水質變化決定，至少應有一臺以上備用單元。
１００１-3ＶR＝Ｑ×Ｒ×───×─×１０Ｃｄ式中：VR為加藥量(公升／小時)；Ｑ為處理水量(立方公尺／小時)；Ｒ為氯加藥率(毫克／公升)；Ｃ為有效氯濃度(％)；ｄ為次氯酸鈉溶液之比重。
3次氯酸鈉溶液貯存容量為七日至八日份，以耐腐蝕之材料或經表襯之鋼材或鋼筋混凝土造之貯存槽二槽以上，並設置液位計。
4溶液貯存室應為耐震及耐火性、通風良好之構造，應設置溶液全量漏洩時防止流出之防液堤或坑渠。
二、採紫外線消毒者：(一)紫外線燈管在波長二三三點七至二七三點七納米的條件下，至少要有百分之九十之紫外光發散率，且壽命至少要有一萬小時。
(二)照射於紫外線下之元件，應為不銹鋼、石英或鐵弗龍之材質。
三、採臭氧消毒者：(一)臭氧產生機產生之最高臭氧濃度於一立方公尺空氣量下不得低於一五○公克。
(二)臭氧產生機至少需有一臺備用，且每一臺有一組高濃度臭氧監測器。
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