訓練區分為基礎訓練及專業訓練。
前項基礎訓練，由主管機關會同國防部辦理；專業訓練，除研發替代役及產業訓儲替代役由主管機關辦理外，一般替代役由需用機關辦理。
宗教因素申請服一般替代役經核定者，應實施基礎訓練及專業訓練；其基礎訓練併同專業訓練，由需用機關辦理。