署長之權責如左：
一、關於本署政策之研議、工作計畫方案之擬定事項。
二、關於本署法令規章之研訂、修正、廢止、核釋之擬議事項。
三、關於上級重要命令之執行及向上級建議、請示、申復或報告事項。
四、關於指揮監督所屬各單位之工作及考核事項。
五、關於所屬九職等以下人員之依法任免、調遷、獎懲事項。
（主計人事人員除外）六、關於重要會議之主持或參加事項。
七、關於部次長交辦事項。