本總隊設下列組、室、大隊：
一、航勤組，分四科辦事。
二、機務組，分三科辦事。
三、飛安組，分二科辦事。
四、秘書室。
五、人事室。
六、政風室。
七、主計室。
八、勤務第一大隊，分三隊辦事。
九、勤務第二大隊，分三隊辦事。
十、勤務第三大隊，分三隊辦事。