各總隊掌理下列事項：
一、交通部航港局所轄區域與工業專用港港區之治安秩序維護及協助災害危難之搶救。
二、港區涉外治安案件及其他外事處理。
三、港區犯罪偵防及刑事案件之處理。
四、港區交通安全及秩序維護。
五、違反港務相關法令案件之協助處理。
六、其他有關港務警察業務事項。
各總隊依港務法令執行職務時，並受交通部航港局之指揮、監督。