本院為應業務需要得設下列常設性任務編組，其內部組設及主管權責，另以設置要點定之：一、科技會報辦公室：統籌規劃國家科技發展政策、資源分配、重大計畫審議與管考及籌辦重大科技策略會議，置執行秘書一人、副執行秘書一人至二人，由適當人員擔任。
二、食品安全辦公室：統籌規劃食品安全政策，統合中央及地方權責機關應變處理重大食品安全事件，推動重大計畫與資訊系統及辦理相關會議，置主任一人、副主任一人至二人，由適當人員擔任。
三、中部、南部、東部、雲嘉南區聯合服務中心：整合本院所屬機關（構）當地現有資源，以單一窗口提供各該地區民眾便捷服務，分置主任一人、執行長一人、副執行長一人或二人，由適當人員擔任。
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