國土安全辦公室掌理事項如下：
一、反恐、關鍵基礎設施安全防護之資訊蒐整、政策研議、法案審查、計畫核議及業務督導。
二、反恐、關鍵基礎設施安全防護通報應變機制、演習訓練、國際交流合作之督導及管考。
三、國土安全政策會報決議、配合國家安全系統職掌之反恐及關鍵基礎設施防護。
四、與國土安全有關動員準備工作之規劃、整合、協調及協助督導。
五、其他有關反恐、關鍵基礎設施安全防護業務事項。