特種勤務任務編組由國家安全局局長任指揮官，特勤中心副指揮官為副指揮官，襄助指揮全般特勤工作之執行，總統府侍衛長兼任副指揮官，專責執行有關總統與其配偶及家屬之特種勤務事項。
特勤中心執行長兼任特種勤務任務編組執行長，承指揮官之命，襄助副指揮官，執行特種勤務。