秘書處掌理下列事項：
一、文書處理、印信典守及檔案管理事項。
二、院士會議、評議會、院務會議與各種重要會議議事及選舉事項。
三、年度施政計畫及業務概況彙編事項。
四、文稿撰擬及彙報事項。
五、立法院與媒體聯絡及協調事項。
六、科普教育推廣、週報發行及服務信箱處理事項。
七、院長交辦事項。