本辦法依公民投票法（以下簡稱本法）第九條第六項規定訂定之。
全國性公民投票案（以下簡稱公民投票案）採電子連署系統徵求連署之方式、查對作業等事項，依本辦法之規定。
前項所稱電子連署系統，係指由中央選舉委員會（以下簡稱本會）所建置之電子系統，提供提案人之領銜人徵求連署。
本辦法所稱之電磁紀錄，係指由本會電子連署系統產製附具連署人國民身分證統一編號之連署人名冊電磁紀錄。
提案人之領銜人依本法第十條第九項領取電子連署系統認證碼時，應填具使用電子連署系統切結書，並備具自然人憑證，向本會領取之。
本會提供電子連署系統維運及提案人之領銜人操作諮詢服務。
提案人之領銜人應對連署人提供諮詢服務。
公民投票案連署人進行電子連署時，應於電子連署系統輸入國民身分證統一編號，並以自然人憑證為之。
連署期日之計算，以最先領取連署人名冊格式或電子連署系統認證碼之次日起算，提案人之領銜人應於六個月內，向本會提出連署人名冊；屆期未提出者，視為放棄連署。
提案人之領銜人以電子連署系統認證碼及其自然人憑證登錄系統，於系統取得連署人連署網址後，得使用電子連署系統徵求連署。
提案人之領銜人於提出連署人名冊之日或徵求連署期間截止日，本會應即停止提供該公民投票案提案人之領銜人於電子連署系統徵求連署。
公民投票案成立、不成立或視為放棄連署之日起，停止提案人之領銜人以自然人憑證登錄電子連署系統查詢該公民投票案紀錄之系統權限。
公民投票案連署人名冊電磁紀錄，應由提案人之領銜人以其自然人憑證解密後提出，並以一次為限。
連署人名冊併採紙本連署及電子連署者，提案人之領銜人應一併向本會提出連署人名冊紙本及電磁紀錄。
本法第十三條第一項所稱之連署人名冊係指連署人名冊紙本及電磁紀錄合計。
本會受理連署人名冊紙本及電磁紀錄後，經清查合於本法第十三條第一項規定者，應函請內政部於六十日內依據戶籍登記資料查對連署人名冊電磁紀錄。
有連署人不合本法第八條第一項規定資格者，應標註不符規定事由，函送本會予以刪除。
連署人名冊紙本及電磁紀錄經查對後，其連署人數合計不足本法第十二條第一項規定者，本會應通知提案人之領銜人於三十日內補提，並以一次為限。
本會依前項通知時，應一併提供電子連署系統補提之認證碼，提案人之領銜人以認證碼及其自然人憑證登錄系統後，得於補提期限內使用電子連署系統。
公民投票案紙本連署人數與電子連署人數應合併計算，重複連署以一人計算，並優先採計連署人名冊電磁紀錄。
戶政機關登錄連署人名冊紙本之國民身分證統一編號於資訊系統後，內政部應於二日內標註連署人名冊紙本與電磁紀錄重複者，並交由戶政機關予以刪除連署人名冊紙本重複者。
創制案或法律之複決案於公告前，如經立法機關實現創制、複決之目的，通知本會，本會應即停止該公民投票案之電子連署系統徵求連署。
電子連署系統服務出現中斷或故障，連署之法定期限不予延長。
但提案人之領銜人於連署期間截止當日向本會提出連署人名冊，如系統出現中斷或故障，致無法取得連署人名冊電磁紀錄者，本會應協助提案人之領銜人取得。
提案人之領銜人應妥慎保管連署人名冊電磁紀錄，對連署人提供之個人資料，並應依個人資料保護法規定辦理；違反者，依有關法令規定處理。
電子連署系統電磁紀錄應保留至公民投票案公告成立、不成立或視為放棄之日後二年，如有公民投票案訴訟，應延長保留至裁判確定後三個月。