本辦法依水下文化資產保存法第四十二條第二項規定訂定之。
對從事水下文化資產保存、保護、管理、修復、典藏、展示、研究、人才培育及教育宣導工作，或經主管機關核准進行各類水下文化資產活動且符合下列資格者，主管機關得予獎勵或補助：一、各級學校。
二、水下文化資產保存、保護、管理或研究機關（構）。
三、推動或參與水下文化資產活動之自然人、法人或團體。
本辦法之獎勵，應由下列各機關（構）、團體推薦：一、主管機關、中央目的事業主管機關、直轄市政府、縣（市）政府或所屬單位。
二、各級學校或學術團體。
三、水下文化資產相關財團法人或社團法人。
主管機關定期公告獎勵作業時程，由推薦機關（構）、團體將符合條件之機關（構）、團體或個人之具體事蹟及有關證明文件，於主管機關公告期間內，填具推薦表並檢附相關資料，向主管機關辦理推薦作業。
主管機關為審查前條獎勵推薦案，得邀集學者、專家及機關代表召開審查會議審查之。
本辦法之獎勵方式如下：一、發給獎狀。
二、發給獎座或獎牌。
三、授予榮銜或其他榮譽。
四、發給獎金。
五、其他獎勵方式。
從事水下文化資產保存、保護、管理、修復、典藏、展示及研究工作，或經主管機關核准進行各類水下文化資產活動，並符合第二條規定之資格條件者，得向主管機關申請補助。
依前項規定，向主管機關申請補助者（以下稱申請人）應填具申請表，並擬具計畫及相關資料，於每年主管機關公告期限內，向主管機關提出。
如有具時效性、特殊性之案件，得以專案方式辦理，不受申請時間之限制。
主管機關為審查前條補助案件之申請、變更，得邀集學者、專家及機關代表召開審查會議審查之。
主管機關之補助，得以下列方式之一為之，並得為附款：一、補助經費之全部或部分。
二、依自籌情形補助部分經費。
三、補助貸款利息之全部或部分。
各級學校為水下文化資產人才培育及教育宣導，得擬具計畫，就學分學程、學位學程、相關系所、學碩博士專班、產學專班之設立與運作及相關課程，或其他形式之教育宣導，向主管機關申請補助。
主管機關得洽請大學校院擬具前項計畫，向主管機關申請補助合辦學分學程、學位學程、相關系所、碩博士專班或產學專班。
主管機關得邀集學者、專家及教育主管機關代表，召開審查會議，依學校所提前條計畫進行書面審查，必要時，得邀請學校到場說明。
依本辦法申請經獲核定之補助計畫，應按原核定計畫執行；其有調整或變動之必要者，應敘明理由並檢附相關文件報主管機關核准後，始得變更，並納入後續申請補助之審查參考。