本辦法依醫療法（以下簡稱本法）第九十一條第二項及緊急醫療救護法第五十六條第二項規定訂定之。
本辦法所定獎勵措施，其項目如下：一、緊急、重症醫療資源不足地區服務人力之改善。
二、緊急、重症醫療資源不足地區相關醫療設備、設施之增購或更新。
三、婦產科、兒科醫療資源及品質之改善。
四、弱勢族群及山地、離島地區醫療照護服務之改善。
五、醫療機構品質及效率之提升。
六、重要慢性疾病防治醫療品質之提升。
七、特殊或策略性醫療產業之發展。
八、藥事照護服務之發展及用藥品質之提升。
九、依本法中華民國九十三年四月二十八日修正施行前醫療發展基金相關規定許可在案之獎勵事項。
前項第一款、第二款緊急醫療資源不足地區之認定，由中央主管機關依醫院緊急醫療能力分級標準，及醫療資源分布狀況公告之。
前條獎勵措施之方式如下：一、改善服務人力之人事費用及訓練費用之補助。
二、增購或更新相關醫療設備、設施之費用或貸款利息之補助。
三、改善、提升醫療照護與疾病防治有關之服務、品質及效率所需費用之獎助。
四、改善、提升前條第一項第七款特殊或策略性醫療產業之人力品質、服務流程及病人安全或臺灣品牌特色形象推廣及行銷，所需費用之獎助。
五、改善、提升或推動獎勵措施項目，績效卓著之醫療機構，發給獎牌、獎狀或獎勵金，並得給予公開表揚。
前二條之獎勵，中央主管機關得逐年訂定計畫實施之。
前項計畫內容應包括申請期間、申請資料、獎勵細目與模式、獎勵對象、審查程序、經費核撥及核銷等相關作業程序。
本辦法獎勵之對象如下：一、醫療機構。
二、護理之家機構及居家護理機構。
三、精神復健機構。
四、衛生財團法人。
五、藥局。
前項各款機構或法人申請獎勵時，公立機構，以其代表人為申請人；私立機構，以負責醫事人員為申請人；法人或其他團體附設機構，以該法人或團體為申請人。
中央主管機關應邀集學者專家及有關機關（構）之代表，辦理申請獎勵案件之審查及輔導；並得委任、委託相關機關（構）或民間專業機構、團體為之。
中央主管機關對受獎勵機構，為檢查及瞭解其執行獎勵項目之情形或其財務狀況，得命提出相關文件、資料或報告；必要時，並得派員或會同有關機關實地勘查或查核，受獎勵機構不得規避、妨礙或拒絕。
受獎勵機構執行本辦法所定之獎勵項目，其有違反法令或辦理不善情事，經中央主管機關命其限期改善而屆期未改善者，中央主管機關得即予廢止或停止其全部或一部之獎勵；該機構三年內不得再申請相關獎勵。
本辦法中華民國一百年四月八日修正施行前，已辦理簽約之獎勵案件，依修正前之規定辦理。