本辦法依農藥管理法（以下簡稱本法）第十六條第四項規定訂定之。
農藥許可證之核發、補發、換發、展延、登記事項變更等事項，中央主管機關得委任所屬機關辦理。
農藥許可證類別分為下列四種：一、成品農藥輸入。
二、成品農藥加工。
三、農藥原體輸入。
四、農藥原體製造。
有下列情形之一者，不得核准農藥登記：一、禁用農藥。
二、經中央主管機關公告限制農藥使用方法及其範圍。
三、經中央目的事業主管機關公告禁止製造、加工或輸入之化學製品。
四、成品農藥毒性分類屬極劇毒或劇毒。
但殺鼠劑、殺線蟲劑、燻蒸劑、燻煙劑、產氣劑及其他經中央主管機關公告之製劑，不在此限。
五、其他經中央主管機關認定有危害人體健康或污染環境之虞。
申請農藥許可證登記事項之變更登記，其變更涉有經中央主管機關公告限制農藥使用方法及其範圍之情形者，中央主管機關不予核准。
同一農藥工廠生產之成品農藥，其有效成分及劑型相同者，以申請一張農藥許可證為限；農藥原體之有效成分相同者，亦同。
但有特殊情形，經中央主管機關核准者，不在此限。
申請農藥許可證之核發、補發、換發、展延或登記事項變更，應填具申請表，並按申請項目分別檢附附件一至附件四所定文件或書表，向中央主管機關提出申請。
前項所定應檢附之文件非屬中文或英文者，應另檢附中文譯本。
生產國家許可生產證明文件及農藥工廠授權申請人辦理許可登記文件，應經我國駐外使領館、代表處、辦事處或其他外交部授權機構認證或驗證，並自出具日起二年內有效。
申請成品農藥輸入或加工許可證，該成品農藥使用時需添加增強農藥藥效之製品者，應另檢附其理化性及毒理試驗資料。
前項試驗資料項目，由中央主管機關公告之。
農藥有效成分未經核准登記為成品農藥者，不得申請農藥原體登記。
申請成品農藥加工登記之農藥原體，須經中央主管機關核准登記。
中央主管機關辦理農藥許可證之核發、展延或登記事項變更時，必要時得赴國內外生產工廠進行實地查核。
申請人無正當理由規避、妨礙或拒絕前項查核，中央主管機關不予核准其農藥登記、許可證展延或變更登記之申請。
申請展延農藥許可證有效期間，應於期滿前六個月內為之。
逾期者，應重新申請核准登記。
但於原農藥許可證有效期間屆滿後三個月內重新申請核准登記者，其應檢具文件準用第六條農藥許可證之展延規定。
本法第十五條第一項第二款所定農藥許可證應記載事項有變更，應於事實發生之日起三個月內提出申請。
但國外原製造工廠更換者，應於事前提出申請。
農藥廠牌名稱經中央主管機關核准登記使用者，其他農藥不得申請登記使用。
但有下列情形之一者，不在此限：一、農藥有效成分相同，且該農藥屬廠牌名稱權利人。
二、農藥有效成分相同，並經廠牌名稱權利人授權使用。
申請農藥許可證之核發、補發、換發、展延或登記事項變更，所檢附之文件有不全或不符規定者，中央主管關應通知限期補正，並以三個月為限；屆期未補正或補正不完全者，不予受理申請。
申請案經審查文件內容有不符者，應通知限期補正；屆期未補正或補正不完全者，駁回其申請。
申請農藥許可證之核發、展延或登記事項變更，經審查通過者，中央主管機關始得核發農藥許可證。
前項申請人應於取得農藥許可證三個月內，檢附市場銷售用農藥標示三份，送中央主管機關備查。
補發或換發之農藥許可證，其證號及有效期間以原證為準。
遺失或滅失之農藥許可證於日後發現時，應向中央主管機關繳銷。
農藥許可證權利人得於農藥許可證有效期間內，向中央主管機關申請廢止之。
農藥生產業者歇業時，其所請領之農藥許可證應予廢止。
輸入農藥之業者，其農藥販賣業執照經依本法第三十條第二項規定註銷者，其所請領之農藥許可證應予廢止。
農藥許可證核發、展延、廢止、撤銷及逾期失效之資訊，由中央主管機關公告之。
申請農藥許可證之核發、補發、換發、展延或登記事項變更，應依農藥許可證相關收費基準，繳納費用。
申請人依本辦法所定應檢附之書面文件，得以掃描電子文件代之；必要時，中央主管機關得通知申請人提出書面文件供查驗。