本辦法依農田水利會組織通則第三十三條第二項規定訂定之。
農田水利會應配合政府政策及業務需要，考量人力、物力、技術條件，統籌財力資源並遵循節約原則，擬定工作計畫及年度預算，提報會務委員會審議後，於年度開始前兩個月，檢附年度工作計畫及預算書五份，報主管機關核定。
年度預算收支之基本原則如下：一、應本開源節流、量入為出及收支平衡原則，務實籌劃。
二、應依年度工作計畫、業務需要及其效益之優先順序，作為預算編列之依據。
三、年度消費性支出，應依業務性質，為周詳、完整之規劃，並應撙節緊縮編列，避免預算執行發生超支之情事。
預算收入依下列原則辦理：一、以前年度實施狀況及上年度核定預算執行情形，考慮自然增減趨勢及其他因素，加以審慎評估，核實編列，不得有虛列情事。
二、積極整頓或開拓自有財源，以充裕經費，避免預算虧絀。
預算支出依下列原則辦理：一、考量人力、物力、技術條件，及在年度內所能完成之工作量，秉承革新節約原則。
二、配合當前政府農業政策，改善灌排設施，以促進農業生產，提昇農村生活品質，保護農業生態環境為重點。
三、以年度工作計畫為依據，不得以上年度預算之有無為基數，籠統增減之。
四、凡有統一編列基準者，按其基準編列；無統一編列基準者，應核實編列，並貫徹零基預算之精神，深入檢討各項支出計畫。
五、經常性業務經費或消耗性費用，除依相關法令規定調整增加外，其餘應切實檢討予以減列，不得成長。
六、因公出差、出國考察，應力求避免浮濫，委辦經費、印刷、油料等，應檢討撙節緊縮。
七、汰換公務用車輛應依法令規定辦理。
年度工作計畫內容，應載明下列事項：一、本年度事業方針。
二、灌溉及排水管理計畫。
三、新建或改善、養護等工程計畫。
四、各項收入之徵收計畫。
五、各項舊欠費之催收清理計畫。
六、固定資產之建設、改良、擴充及變賣計畫。
七、長期借款之舉借及償還計畫。
八、研究發展計畫。
九、資訊業務計畫。
十、其他計畫。
前項各款計畫應敘明其目標、內容、實施時間、經費概況及來源；專案核定辦理之業務，應註明核准文號。
年度預算應就業務實際需要通盤考量，並視財力情形編列，其優先順序如下：一、已列入政府施政計畫及農田水利會年度工作計畫，須優先實施者。
二、屬於重要水利工程、新興計畫業經核定有案及維護工程計畫者。
三、主管機關交辦或配合辦理事項，須優先實施者。
四、屬於法令規定或契約責任，須履行者。
五、屬於經常性業務，須繼續辦理者。
六、屬上年度或以前年度計畫，因故須延長或繼續辦理者。
七、會員或各機關建議有關灌溉及排水設施，應急待辦理者。
為合理分配及有效率運用財力資源，確立預算決策，應由各組室主管及業務主辦人員，共同組成年度工作計畫與預算編列會議，由會長或總幹事主持，就年度工作計畫及預算，詳加檢討、評估、審查，並作成紀錄予以保存。
年度預算書內各種度量衡一律採用公制，金額以新臺幣「元」為單位，其書表格式應符合主管機關規定。
年度預算所列各項費用，應力求詳實，並應依主管機關所定編列基準規定編列。