本辦法依農業發展條例(以下簡稱本條例)第三十二條第二項規定訂定之。
檢舉人於農業用地違規使用稽查單位未發現前，檢舉農業用地違規使用事實，經直轄市、縣（市）主管機關查證屬實並經裁罰有案者，得發給檢舉獎金、獎牌或獎勵狀。
數人共同檢舉同一違規使用農業用地而應發給獎金者，其獎金平均分配；數人先後檢舉同一違規使用農業用地者，獎金發給最先提供具體事證之檢舉人。
直轄市、縣（市）主管機關應不待檢舉人之請求，依區域計畫法或都市計畫法裁罰等有關資料，審核後發給獎金。
檢舉人亦得於裁罰確定後，向直轄市、縣（市）主管機關提出申請。
檢舉人檢舉農業用地違規使用案件，經查證屬實並經裁罰有案後，直轄市、縣（市）主管機關得發給每案件獎金新臺幣三千元。
但同一檢舉人於該直轄市或縣（市）內全年度之核發總額以新臺幣三萬元為限。
前項全年度核發總額之計算，以檢舉案件裁罰時間為計算基準。
直轄市、縣（市）主管機關發給獎金時，應請檢舉人提供足資證明身分之相關文件。
直轄市、縣（市）主管機關得就有關符合檢舉獎金發給或其他獎勵條件之核發獎勵方式、項目、基準及程序，另定處理規定辦理之。
直轄市、縣（市）主管機關依前項訂定之處理規定，應報中央主管機關備查。
直轄市或縣(市)主管機關應設置農業用地違規使用檢舉信箱、專線電話、傳真電話或電腦網址，並指派專人受理。
檢舉人檢舉農業用地違規使用，得以書面、口頭、電話、傳真、電腦上網或任何方式，提供下列事項：一、檢舉人之姓名及聯絡方式。
二、違規使用農業用地之座落鄉(鎮、市、區)名稱及地段、地號、住址或相關位置資料。
三、農業用地違規使用情形及可供查證之相關資料。
檢舉案件有下列情形之一者，不發給獎金、獎牌或獎勵狀：一、檢舉人以匿名或以不真實姓名檢舉。
二、檢舉人未具有中華民國國籍。
三、檢舉案件查無具體事證或與檢舉事證不符。
四、檢舉案件已另依各目的事業相關法令規定裁處有案。
五、檢舉案件在被檢舉前業經直轄市、縣（市）主管機關及鄉（鎮、市、區）公所等相關機關發現、處理或輔導有案。
受理檢舉之機關，對於檢舉人之姓名等相關資料應嚴予保密，並妥善保管。
如有洩密情事，不論故意或過失均應追究責任，並依法議處。
但經檢舉人同意公開表揚者，不在此限。
檢舉人之安全，有關機關應予保護，如檢舉人遭受威脅、恐嚇或其他不利行為者，應依法處理。
直轄市、縣（市）主管機關應依上年度農業用地違規裁罰案件罰鍰金額百分之二十編列年度預算，作為檢舉獎金及相關費用。
前項經費如有不足，得由直轄市、縣（市）主管機關依法設置之農業發展基金相關經費項下勻支，或申請中央主管機關酌予補助。