行政院農業委員會農田水利署（以下簡稱本署）為處理內部單位之分工職掌，特訂定本細則。
署長綜理署務，並指揮、監督所屬人員；副署長襄助署長處理署務。
主任秘書權責如下：一、文稿之綜核及代判。
二、機密及重要文件之處理。
三、各單位之協調及權責問題之核議。
四、重要會議之籌辦。
五、其他交辦事項。
總工程司權責如下：一、工程部門文稿之綜核及代判。
二、工程部門機密及重要文件之處理。
三、工程部門各單位之協調及權責問題之核議。
四、工程部門重要會議之籌辦。
五、其他交辦事項。
本署設下列組、室：一、綜合企劃組，分三科辦事。
二、農田水利管理組，分三科辦事。
三、農田水利建設組，分三科辦事。
四、秘書室。
五、人事室。
六、政風室。
七、主計室。
綜合企劃組掌理事項如下：一、農田水利政策、方針與措施之規劃、研擬及協調。
二、農田水利施政計畫、中長程、年度計畫、科技計畫之訂定、規劃協調及專案計畫之管考。
三、農田水利刊物之出版、輔導與國際事務之研究、交流及協調。
四、農田水利相關財團法人業務之輔導及考核。
五、農田水利事業灌溉管理組織人事政策、人員甄試與人才組訓之研擬及規劃。
六、農田水利事業作業基金之存儲運用等財務管理、非事業用土地資產使用、收益、處分制度之研擬、執行與資產投資計畫之運用開發評估及推動。
七、農田水利相關法規訂修及解釋之研擬。
八、農田水利相關訴願、訴訟、國家賠償案件之諮詢及處理。
九、其他有關綜合企劃事項。
農田水利管理組掌理事項如下：一、農田水利資源之調查及農業灌溉水資源之規劃。
二、農田水利灌溉營運管理、灌溉技術發展、灌溉資訊系統工程之規劃、設計、興建與相關人員培育之規劃、推動及監督。
三、農業灌溉水資源調配、亢旱調撥支援民生及工業用水之協調、推動及監督。
四、灌溉水質管理政策、水質監測計畫之規劃、推動、協調及監督。
五、灌溉用水污染之介入查察、取締、裁處作業與相關人員訓練之規劃、推動、協調及監督。
六、灌溉用水品質檢驗、專任檢驗人員訓練之規劃、推動、監督及協調。
七、農田水利設施整備、災害防救緊急應變業務及災害搶修（險）工程之監督。
八、農田水利設施、取（引）水工程、調蓄設施管理與養護之規劃、設計、推動、協調及監督。
九、管路灌溉設施工程之規劃、設計、推廣、試驗研究與節約農業灌溉用水措施、農田水利技術士技能檢定之規劃、輔導及推動。
十、其他有關農田水利管理事項。
農田水利建設組掌理事項如下：一、農田水利工程之進度管控、規劃、協調及監督。
二、農田水利工程品質、職業安全衛生之管理、審議、查核及監督。
三、農田水利工務行政、工程契約範本與施工規範之研擬、規劃、協調及推動。
四、農田水利工程興辦與更新改善等計畫之規劃、輔導、協調、推動及監督。
五、農業灌溉水源工程開發利用之協調、推動及監督。
六、農地重劃完成地區設施、農水路興辦及改善計畫之規劃、協調、推動及監督。
七、農業生產環境改善計畫工程與品質之規劃、協調、推動及監督。
八、農田水利設施天然災害復建工程之規劃、推動及監督。
九、農業工程人力培訓與技術改進之調查、研究、策劃、監督及推動。
十、其他有關農田水利建設事項。
秘書室掌理事項如下：一、印信典守及文書、檔案之管理。
二、議事、出納、財務、營繕、採購及其他事務管理。
三、本署辦公廳、宿舍等不動產與檔案、財產、車輛之管理。
四、國會與地方聯絡、媒體公關事務政策之規劃、研擬、執行及管考。
五、不屬其他各組、室事項。
本署處理業務，實施分層負責制度，依分層負責明細表逐級授權決定。