本辦法依臺灣地區與大陸地區人民關係條例第四十條之二第三項規定訂定之。
大陸地區經貿事務非營利法人、團體或其他機構申請在臺灣地區設立辦事處者，應符合下列規定：一、設立五年以上之經貿事務非營利法人、團體或其他機構。
二、設立之宗旨或任務須為促進產業、投資或貿易發展之事項。
三、有在臺灣地區設立辦事處從事業務活動之必要。
四、對促進兩岸經貿活動無不良紀錄。
大陸地區經貿事務非營利法人、團體或其他機構申請在臺灣地區設立辦事處者，應填具申請書，並檢附下列文件，向主管機關申請許可：一、法人、團體或機構登記證書或其他設立文件影本。
二、章程影本。
三、代表人及常務理（監）事名冊。
四、設立辦事處工作計畫書。
五、辦事處組織編制說明。
六、辦事處代表人及其他派駐人員名冊、身分證明及職務證明文件影本。
七、其他經主管機關指定之文件。
大陸地區經貿事務非營利法人、團體或其他機構經許可在臺灣地區設立辦事處後增設辦事處者，應由申請人填具申請書，並檢附前項第四款至第七款規定之文件，向主管機關申請許可。
大陸地區經貿事務非營利法人、團體或其他機構經許可在臺灣地區設立辦事處，其業務活動範圍以為兩岸投資企業提供服務或從事兩岸貿易服務為限。
但經主管機關核准從事之其他業務活動，不在此限。
大陸地區經貿事務非營利法人、團體或其他機構經許可在臺灣地區設立辦事處者，應於設立後六個月內取得辦事處房屋合法使用證明，並報主管機關備查。
大陸地區經貿事務非營利法人、團體或其他機構，其許可設立辦事處之目的、業務活動範圍或派駐人員變更者，應於事前檢附相關文件，報主管機關許可。
除前項規定外，其餘經許可或備查事項有變更者，應於事實發生之日起一個月內，檢附相關文件，報主管機關備查。
大陸地區經貿事務非營利法人、團體或其他機構經主管機關許可在臺灣地區設立辦事處者，於次年度起，應於每會計年度開始一個月前檢具辦事處年度工作計畫書及經費預算，並於每會計年度終了後一個月內檢具辦事處工作報告書及經費決算，報主管機關備查。
大陸地區經貿事務非營利法人、團體或其他機構經許可在臺灣地區設立辦事處，有下列情形之一者，主管機關得廢止或撤銷其許可：一、喪失大陸地區經貿事務非營利法人、團體或其他機構資格。
二、申請文件虛偽不實。
三、從事之業務活動違反法令、公共秩序或善良風俗。
四、未於第六條或第八條規定期間內申報辦理備查，或經許可或備查事項之變更未依第七條規定辦理，經通知限期辦理，屆期仍未辦理。
五、自行停止業務活動六個月以上。
大陸地區經貿事務非營利法人、團體或其他機構在臺灣地區不再從事業務活動者，應向主管機關申請廢止許可；未申請者，主管機關得逕予廢止其許可。