本辦法依財團法人法（以下簡稱本法）第四條第四項規定訂定之。
本辦法所稱改隸，指財團法人依本法第四條規定變更主管機關。
財團法人申請改隸許可之條件如下：一、有下列情形之一，且涉及變更主管機關者：（一）依民法第六十五條規定變更其目的。
（二）主要業務或受益範圍有變動。
二、地方性財團法人申請變更為全國性財團法人者，其主要業務或受益範圍，須非僅及於單一直轄市、縣（市）行政區域。
三、全國性財團法人申請變更為地方性財團法人者，須具有正當理由。
四、基金總額須符合擬改隸主管機關依本法第九條第一項所定最低捐助財產總額。
財團法人申請改隸許可，應檢具下列文件，向原主管機關提出：一、申請書，並應載明下列事項：（一）申請人。
（二）申請人之法定代理人或代表人之姓名、身分證明文件字號及出生年月日。
（三）申請人之主事務所、分事務所及聯絡方式。
（四）申請改隸之理由，變更後之財團法人名稱、主要業務項目及受益範圍。
二、符合本法第四條第一項至第三項申請改隸及擬改隸主管機關依本法第九條第二項訂定現金總額比率之證明文件。
三、董事會決議申請改隸之會議紀錄。
四、原捐助章程及變更後之捐助章程草案。
五、依民法第六十五條規定變更其目的而申請改隸者，符合該條所定情形之證明文件。
六、改隸後之當年工作計畫及經費預算。
七、前一年度工作報告及財務報表。
八、最近一次之法人登記證書。
九、其他經原主管機關指定之文件。
申請之方式或文件不備，其能補正者，原主管機關應通知申請人於一定期間內補正；不能補正或屆期不補正者，得逕行駁回之。
原主管機關於受理許可改隸之申請後，應即請擬改隸之主管機關於四十五日內表示是否同意改隸；屆期未表示者，視為同意。
原主管機關依前項規定請擬改隸主管機關表示是否同意時，應一併敘明對該財團法人之監督管理情形及檢附相關文件。
擬改隸之主管機關不同意改隸者，原主管機關應不予許可改隸。
原主管機關應自受理財團法人改隸之申請後六十日內為准駁之決定；必要時，得予延長，延長之期間不得逾三十日，並以一次為限。
經核准者，應發給許可之文件，並通知改隸後之主管機關。
財團法人因改隸而涉及登記事項變更者，應自收受許可文件之日起十五日內，向法院聲請變更登記，並應自法院發給登記證書後十五日內，將證書影本送原主管機關及改隸後之主管機關備查。
財團法人主管機關之改隸，自原主管機關許可時發生效力。
原主管機關許可改隸申請後，應儘速將該財團法人設立、審查、監督及其他相關資料移送改隸後之主管機關。