本辦法依原住民族教育法（以下簡稱本法）第十一條第二項規定訂定之。
原住民族教育經費（以下簡稱本經費）應配合年度預算經費編列期程，每年由教育部與原住民族委員會召開相關會議，辦理下列事項，並提經本法第七條第一項原住民族教育政策會諮詢後，分別編列預算並執行：一、檢討前一年度本經費執行情形。
二、提出下一年度本經費編列規劃重點。
三、研商教育部與原住民族委員會經費分攤比率。
本經費之支用範圍如下：一、依本法補助原住民學生就學及公費留學所需之經費。
二、辦理原住民學生、師資、原住民終身教育相關課程、活動或計畫，及補助原住民非正規教育學習之經費。
三、對原住民重點學校、原住民族地區學校、機關（構）與團體及原住民學生達一定比率之學校之補助、委辦活動及計畫之經費。
四、依原住民族文化特性，對原住民實施民族知識教育所需之經費。
五、專為原住民族辦理之原住民族教育計畫及事項之經費。
六、其他優於非原住民族之原住民族教育相關措施。
為擴大辦理成效及規模，教育部與原住民族委員會得視需要共同合作推動活動及計畫，並採經費分攤方式辦理。