本辦法依所得稅法（以下簡稱本法）第二十四條之四第五項規定訂定之。
總機構在中華民國境內經營海運業務之營利事業，經交通部核定符合下列各款要件者，其海運業務收入得選擇依本法第二十四條之四第二項規定，按船舶淨噸位計算其營利事業所得額：一、在中華民國境內依航業法設立，經交通部許可之船舶運送業。
二、以第三條第一項規定之船舶實際從事客貨運輸，並負責該等船舶之經營策略及商業管理。
三、登記擁有一艘以上中華民國船舶，且其自有中華民國船舶之淨噸位合計數，自適用本法第二十四條之四規定計算營利事業所得額之第三年度決算日起，應達營利事業及其直接或間接持有具表決權之股份或出資額超過百分之五十之子公司所擁有全部船舶淨噸位合計數之百分之十五。
四、登記擁有中華民國船舶之淨噸位合計數，自適用本法第二十四條之四規定計算營利事業所得額之第五年度決算日起，應達營利事業及其直接或間接持有具表決權之股份或出資額超過百分之五十之子公司所擁有全部船舶淨噸位合計數之百分之三十。
五、僱用中華民國員工（含海上及岸勤人員）三十五人以上，並按所屬總噸位五百以上之中華民國船舶艘數，依規定應配置船員總人數計算，每十五名船員提供二名實習生名額，餘數超過十人，再提供一名實習生名額，以承擔中華民國船員培育及訓練義務。
前項第二款所稱經營策略，包括決定重大資本支出及財產處置（如買賣船舶）、主要合約及策略聯盟協議等；商業管理包括商業經營（如路線規劃、受理客貨運輸登記地、保險決策、融資決策、人事管理及培訓等）及技術管理（如維修保養船舶及燃料管理等）。
營利事業適用本法第二十四條之四第二項規定計算營利事業所得額之船舶，應以符合下列各款條件者為限：一、自有或向他人以光船、計時、計程租入實際經營之每艘總噸位三百以上之海上運輸船舶。
但不包括以光船出租予他人之自有船舶。
二、用於客貨運輸服務、拖船、打撈或其他於海上提供交通運輸服務之船舶。
但不包括用於提供陸地上銷售貨物或勞務性質（如購物商店、餐廳、旅館等）之船舶。
漁船、漁業加工船、遊艇及港區內之港勤船舶、工作船、交通船、港口渡輪，不適用本法第二十四條之四之規定。
營利事業以前二項不適用本法第二十四條之四規定之船舶經營業務之收入，應依本法規定計算經營該船舶之所得。
但船舶基於營利事業營運調整暫時改變用途，不符合第一項規定之期間全年度合計不超過三十日者，不在此限；船舶營運期間不滿一年者，三十日之期間應按營運期間相當全年之比例換算之。
本法第二十四條之四第一項所稱海運業務收入，其範圍如下：一、經營海運客貨運輸業務收入，包括：（一）營利事業以自有或光船、計時、計程租入實際經營之船舶，從事客貨運輸業務及其他必要且與該項業務不可分割活動之收入。
所稱必要且不可分割活動，指使船舶順利營運所必要提供之服務，包括運輸客貨、船舶航行時提供乘客飲食或冷藏設施保存貨物之業務。
（二）船舶運輸業務之相關服務收入，包括裝卸、合併、分裝、暫存貨物或出租貨櫃等服務之收入。
（三）經營船舶運輸業務所收取之附加費及額外費用，如幣值調整附加費、燃油調整附加費、港口擁擠附加費、超長超重附加費、轉船附加費、延滯費、留置費、更改目的地費或提單費。
二、其他經營海運業務必要且相關之損益，包括取得營運船舶相關之利率契約或外匯契約損益、燃油契約損益及匯兌損益。
營利事業以符合前條第一項規定之船舶經營海運業務所取得之前項收入，應以每一船舶之淨噸位按本法第二十四條之四第二項規定標準，計算經營各該船舶全年度海運業務之營利事業所得額，加總計算之，並不得減除非海運業務部分之虧損；船舶於年度中購入或以光船、計時、計程租入，或於年度中報廢、光船出租、轉售、依法查封、遭受不可抗力災害，致其營運期間不滿一年者，該船舶之營利事業所得額應分別按其購入船舶所有權移轉登記之日、租入之日起至年度結束之日止之日數，或年度開始之日起至報廢、轉售之日止之日數，或全年度扣除光船出租、查封、災害致無法營運之日數，按全年之比例換算之。
營利事業之海運業務收入，依本法第二十四條之四第二項規定計算營利事業所得額者，其可直接合理明確歸屬海運業務之成本、費用、利息支出或損失，應作個別歸屬認列；其無法直接合理明確歸屬者，應以合理之分攤基礎計算應歸屬於海運業務收入之應分攤數。
前項合理之分攤基礎，除利息支出應依第三項規定辦理外，得按其支出性質，以海運業務與非海運業務之收入、薪資、員工人數、辦公室使用面積或其他合理分攤基礎作為基準，分攤計算之；其未經選定者，視為選定以海運業務收入與非海運業務收入之比例為基準。
計算基準一經選定，不得變更。
利息支出之分攤，如利息收入大於利息支出，全部利息支出得在利息收入項下減除；如利息收入小於利息支出，其利息收支差額應按海運業務之平均動用資金，占全體可運用資金之比例為基準，採月平均餘額計算分攤之。
所稱利息支出，包括任何因借貸關係所產生之利息、融資租賃應付款所含之利息及擔保融資或任何類似交易之利息；所稱全體可運用資金，包括自有資金及借入資金；所稱自有資金，指淨值總額減除不含船舶、貨櫃及貨物裝卸設備之固定資產淨額及存出保證金後之餘額，其為負數者，以零計算。
依前三項規定計算之可直接合理明確歸屬及應分攤之成本、費用、利息或損失，不得列為計算非海運業務營利事業所得額之減除項目。
營利事業符合第二條第一項規定要件者，得檢附相關證明文件，向交通部申請審定為依本法第二十四條之四第一項及第二項規定計算營利事業所得額之營利事業。
交通部應於營利事業申請之次日起二個月內為審定，必要時，得延長一個月；其經審定符合第二條第一項第一款、第二款、第三款前段及第五款規定者，交通部應核發營利事業審定函。
前項營利事業應於辦理取得審定函當年度或次年度之營利事業所得稅結算申報時，依本法第二十四條之四第二項規定計算其海運業務收入之營利事業所得額，並以該年度為選定適用之年度。
營利事業一經辦理結算申報選定適用該條規定，應連續適用十年，不得變更。
營利事業選定適用本法第二十四條之四規定者，應於前項適用期間內，辦理各該年度營利事業所得稅結算申報期間開始二個月以前，檢具營利事業及其子公司營運船舶明細表，向交通部申請核發依本法第二十四條之四第一項及第二項規定計算營利事業所得額適用範圍證明函。
交通部受理時，應併同審核營利事業符合第二條第一項規定要件之情形，其經審核符合者，應予核發適用範圍證明函；如有不符，應即撤銷或廢止其審定函，並不予核發適用範圍證明函。
交通部應於營利事業申請之次日起一個月內完成審核，必要時，得延長一個月。
第一項所定之相關證明文件、前項所定之營利事業及其子公司營運船舶明細表及適用範圍證明函之格式，由交通部定之。
交通部核發審定函及適用範圍證明函時，應副知營利事業所在地之稅捐稽徵機關及財政部賦稅署。
營利事業依前條規定取得審定函及適用範圍證明函，並選定適用本法第二十四條之四規定者，應於辦理每年度營利事業所得稅結算申報時，檢附下列文件，向所在地稅捐稽徵機關辦理申報：一、營利事業及其子公司營運船舶明細表。
二、經營利事業所得稅查核簽證申報會計師複核之海運業務及非海運業務收入、成本、費用、損失明細表及相關證明文件。
稅捐稽徵機關收到結算申報書進行調查時，依下列規定辦理：一、營利事業已依前項規定提示文據者，稅捐稽徵機關應依本辦法規定核定其海運業務之營利事業所得額。
稅捐稽徵機關查核發現營利事業有不符合第二條第一項規定要件者，應檢具相關事證移請交通部確認後撤銷或廢止審定函；其經稅捐稽徵機關查核發現營利事業依本法第二十四條之四及本辦法規定計算營利事業所得額之船舶與適用範圍證明函內容不符者，應檢具相關事證洽交通部確認適用船舶範圍後核定之。
二、營利事業未依前項規定提示文據，稅捐稽徵機關得依查得之資料，依本辦法規定核定其海運業務之營利事業所得額。
其無查得資料且營利事業未提示證明所得額之帳簿、文據者，稅捐稽徵機關得依本法第八十三條及其施行細則第八十一條規定，就該部分營業收入淨額，依同業利潤標準核定其營利事業所得額。
營利事業未依前條第三項規定期限向交通部申請適用範圍證明函，除有下列情形之一應依本法第二十四條之四第二項規定計算營利事業所得額者外，其當年度海運業務收入不得適用本法第二十四條之四規定：一、依本法第二十四條之四以外之規定計算當年度營利事業所得額為負數。
二、依前款規定計算之營利事業所得額為正數，其應納稅額減除依其他法律規定之投資抵減稅額後之餘額，小於海運業務收入依第三條至第五條規定計算之營利事業所得額與海運業務以外之收入依本法規定計算之營利事業所得額之合計數按本法第五條第五項規定稅率計算之應納稅額。
第一項第二款所定海運業務及非海運業務收入、成本、費用及損失明細表之格式，由財政部定之。
取得審定函之營利事業經交通部審核發現其於第六條第二項規定適用期間之前三年度未符合第二條第一項第一款、第二款、第三款或第五款規定要件者，交通部應撤銷其審定函，該營利事業並自始不適用本法第二十四條之四規定，其未符合要件之當年度營利事業所得稅結算申報，應依本法第二十四條之四以外之規定計算營利事業所得額及應納稅額，並於接獲交通部審核結果通知函之次日起二個月內，更正以前年度依本法第二十四條之四規定辦理之營利事業所得稅結算申報，重新依本法第二十四條之四以外之規定計算其應納稅額，並補繳或退還其與依本法第二十四條之四第一項及第二項規定計算之應納稅額之差額。
營利事業於第六條第二項規定適用期間之第四年度起，不符合第二條第一項規定要件，經交通部依本法第二十四條之四第三項規定廢止其審定函者，自不符合要件之年度起連續五年，不得再選擇適用本法第二十四條之四規定，並應自未符合要件之當年度起，依本法第二十四條之四以外之規定計算其營利事業所得額及應納稅額。
其符合本法第三十九條第一項但書規定者，得將經該管稅捐稽徵機關核定前十年內非屬適用本法第二十四條之四規定年度之各期虧損，自當年度純益額中扣除後，再行核課；並得依其他法律規定適用租稅減免。
交通部撤銷或廢止審定函時，應副知營利事業所在地之稅捐稽徵機關及財政部賦稅署。
本辦法自一百年度營利事業所得稅結算申報案件適用之。