本辦法依加值型及非加值型營業稅法(以下簡稱本法)第十九條第三項及第三十六條第一項規定訂定之。
兼營營業人應依本法第四章第一節規定計算營業稅額部分，適用本辦法之規定。
前項稱兼營營業人，指依本法第四章第一節規定計算稅額，兼營應稅及免稅貨物或勞務者，或兼依本法第四章第一節及第二節規定計算稅額者。
本辦法所稱當期或當年度進項稅額不得扣抵銷項稅額之比例(以下簡稱不得扣抵比例)，係指各該期間免稅銷售淨額及依第四章第二節規定計算稅額部分之銷售淨額，占全部銷售淨額之比例。
但土地及各級政府發行之債券及依法應課徵證券交易稅之證券之銷售額不列入計算。
前項銷售淨額，係指銷售總額扣減銷貨退回或折讓後之餘額。
兼營營業人當期應納或溢付營業稅額之計算公式如下：應納或溢付稅額＝銷項稅額－(進項稅額－依本法第十九條第一項規定不得扣抵之進項稅額)ｘ(1－當期不得扣抵比例)
兼營營業人購買本法第三十六條第一項之勞務，應依下列公式計算其應納營業稅額，併同當期營業稅額申報繳納。
應納稅額＝給付額ｘ徵收率ｘ當期不得扣抵比例
兼營營業人於報繳當年度最後一期營業稅時，應按當年度不得扣抵比例調整稅額後，併同最後一期營業稅額辦理申報繳納，其計算公式如下：調整稅額＝當年度已扣抵之進項稅額－(當年度進項稅額－當年度依本法第十九條第一項規定不得扣抵之進項稅額)ｘ(1－當年度不得扣抵比例)兼營營業人如有進口供營業用之貨物或購買本法第三十六條第一項之勞務者，並應依下列公式調整：調整稅額＝當年度購買勞務給付額ｘ徵收率ｘ當年度不得扣抵比例–當年度購買勞務已納營業稅額兼營營業人於年度中開始營業，其當年度實際營業期間未滿九個月者，當年度免辦調整，俟次年度最後一期比照前二項規定調整之。
兼營營業人申請註銷登記，依本法第三十條第二項規定繳清稅款時，準用前條規定辦理。
兼營營業人帳簿記載完備，能明確區分所購買貨物、勞務或進口貨物之實際用途者，得採用直接扣抵法，按貨物或勞務之實際用途計算進項稅額可扣抵銷項稅額之金額及購買本法第三十六條第一項勞務之應納稅額。
但經採用後三年內不得變更。
前項兼營營業人於年度中，經採用直接扣抵法計算營業稅額者，其當年度已經過期間，應於改採直接扣抵法前報繳稅款之當期，視為當年度最後一期，依第七條第一項及第二項規定辦理。
採用直接扣抵法之兼營營業人，應依下列規定計算營業稅額。
一、兼營營業人應將購買貨物、勞務或進口貨物、購買國外之勞務之用途，區分為下列三種，並於帳簿上明確記載：（一）專供經營本法第四章第一節規定應稅（含零稅率）營業用（以下簡稱專供應稅營業用）者。
（二）專供經營免稅及依本法第四章第二節規定計算稅額營業用（以下簡稱專供免稅營業用）者。
（三）供（一）、（二）共同使用（以下簡稱共同使用）者。
二、兼營營業人當期應納或溢付營業稅額之計算公式如下：應納或溢付稅額＝銷項稅額－（進項稅額－依本法第十九條第一項規定不得扣抵之進項稅額－專供經營免稅營業用貨物或勞務之進項稅額－共同使用貨物或勞務之進項稅額ｘ當期不得扣抵比例）三、兼營營業人購買國外之勞務，應依下列公式計算應納營業稅額，併同當期營業稅額申報繳納。
應納稅額＝專供免稅營業用勞務之給付額ｘ徵收率＋共同使用勞務之給付額ｘ徵收率ｘ當期不得扣抵比例四、兼營營業人於報繳當年度最後一期營業稅時，應按當年度不得扣抵比例調整稅額後，併同最後一期營業稅額辦理申報繳納，其計算公式如下：（一）調整稅額＝當年度已扣抵之進項稅額－（當年度進項稅額－當年度依本法第十九條第一項規定不得扣抵之進項稅額－當年度專供免稅營業用之貨物或勞務之進項稅額－當年度共同使用之貨物或勞務之進項稅額ｘ當年度不得扣抵比例）（二）兼營營業人如有購買國外之勞務者，並應依下列公式調整：調整稅額＝（當年度購買專供免稅營業用勞務給付額＋當年度購買供共同使用勞務給付額ｘ當年度不得扣抵比例）ｘ徵收率－當年度購買勞務已納營業稅額（三）兼營營業人於年度中適用本條規定計算營業稅額之期間未滿九個月者，當年度免辦調整，俟次年度最後一期再依本款規定調整之。
五、兼營營業人申請註銷登記，依本法第三十條第二項規定繳清稅款時，準用前款規定辦理。
六、兼營營業人於調整報繳當年度最後一期之營業稅，具有下列情形之一者，應經會計師或稅務代理人查核簽證。
（一）經營製造業者。
（二）當年度銷售金額合計逾新臺幣十億元者。
（三）當年度申報扣抵之進項稅額合計逾新臺幣二千萬元者。
兼營營業人於調整報繳當年度最後一期之營業稅，未依第八條之二第六款規定辦理者，主管稽徵機關得核定停止其採用直接扣抵法，該兼營營業人於三年內應依第一條至第七條規定計算其應納營業稅額，不得變更。
兼營營業人於停止其採用直接扣抵法時，其當年度已經過期間，應於改採比例扣抵法前報繳稅款之當期，視為當年度最後一期，依第八條之二第四款第一目及第二目規定辦理。
本辦法自中華民國七十五年四月一日施行。
本辦法修正條文自中華民國七十七年七月一日施行。
中華民國八十一年八月二十五日發布修正之本辦法第八條之一、第八條之二及第八條之三修正條文自中華民國八十一年九月一日施行。
中華民國九十年九月二十日發布修正之本辦法第一條、第五條、第七條、第八條之一及第八條之二修正條文自中華民國九十一年一月一日施行。
本辦法中華民國九十四年十一月八日發布修正之第八條之一、第八條之三自中華民國九十五年一月一日施行。
本辦法中華民國九十五年十二月二十一日發布修正之第八條之一、第八條之二及第八條之三自發布日施行。