稽徵機關對印花稅之檢查，除應隨時注意辦理外，每年應舉行重點檢查一次或二次。
重點檢查，事先應訂定檢查計畫，包括檢查範圍、檢查期間及檢查人員之分組等，指派檢查人員切實執行之。
前項檢查人員，應以稽徵機關編制內熟諳印花稅法規及業務之稅務人員為限，以分組為原則，每組不得少於二人，並指定一人為領組。
檢查人員執行檢查時，如有必要，得會請當地警察或自治人員協助辦理。
印花稅之檢查，除必要時稽徵機關得通知受檢查對象提示有關憑證到達辦公處所檢查外，應在受檢查對象之所在地，就指定應檢查之憑證，請受檢查對象逐一提示，予以檢查，並在辦公或營業時間內進行之。
受檢查之對象，如有因憑證保管人員外出，不能提示憑證檢查者，檢查人員應簽報核准，另定檢查時間，進行檢查。
檢查人員進行檢查時，應就應納稅之憑證，依印花稅法之規定，翔實核對檢查，有無依照規定履行納稅義務。
其為彙總繳納者，並應就有關憑證加以核計，注意計算其已納稅額與應繳納稅額是否相符。
經檢查已依法履行納稅義務之憑證，檢查人員應在該項憑證適當處加蓋「印花稅檢查訖」(式檥見附件(一))戳記，交還收存。
檢查人員查獲涉嫌違反印花稅法之憑證，應即掣據(式樣見附件(二))交受檢查人收執，將涉嫌違章憑證攜回，至遲於次日簽報依法處理，如受檢查人因事實需要，要求留置使用，不便攜回，應在憑證上註明涉嫌違章事實，責由受檢查人書立保管證明(式樣見附件(三))，並提供涉嫌違章憑證影本或抄本註明與原本相符並加加蓋印章後，連同保管證明一併攜回簽報依法處理。
前項查獲之涉嫌違章憑證，如納稅義務人非屬檢查機關之轄區者，應由原檢查機關將查獲之憑證，函送其轄區稽徵機關依法辦理。