內政部營建署海洋國家公園管理處（以下簡稱本處）為處理內部單位之分工職掌，訂定本細則。
處長綜理處務，並指揮、監督所屬人員；副處長襄助處長處理處務。
秘書權責如下：一、工作計畫之擬編。
二、文稿之綜核及代判。
三、各單位業務之協調。
四、行政事務之管理。
五、會議之籌備、出席或主持。
六、其他交辦事項。
本處設下列課、室及管理站：一、企劃經理課。
二、環境維護課。
三、保育研究課。
四、解說教育課。
五、行政室。
六、管理站。
企劃經理課掌理事項如下：一、本國家公園各項計畫之規劃、檢討及變更。
二、本處與各有關機關及單位之協調配合。
三、本國家公園區域（以下簡稱本區域）內經營管理與重大建設之規劃及研擬。
四、本區域內土地與海域使用申請案件之審核及用地取得之處理。
五、國家公園事業興設之規劃。
六、國家公園法規與管理資料之蒐集、研究及管制要點之擬訂。
七、本區域內建築物設計規範、違章建築查報及違反國家公園法案件之處理。
八、本處資訊業務。
九、未來海洋型國家公園籌設之企劃經理業務規劃。
十、其他有關企劃經理事項。
環境維護課掌理事項如下：一、本區域內各項工程設施之規劃、設計、發包、施工、監督、驗收及其預算執行。
二、本區域內古物與古蹟之維護及修繕。
三、本區域內各項工程設施勘查、測量及調查研究。
四、本區域內公私建築物、道路與橋樑之建設及拆除案件之許可。
五、本區域內水土保持案件之會審。
六、本區域內復舊造林及景觀維護。
七、本區域內環境之管理。
八、本區域內建築之管理。
九、未來海洋型國家公園籌設之環境維護業務規劃。
十、其他有關環境維護事項。
保育研究課掌理事項如下：一、本區域內自然生態之保育、研究、經營、執行及監督。
二、本區域內自然資源、人文史蹟資料之蒐集、研究及管理。
三、本區域內各種標本之採集、製作、研究及保管。
四、本區域內學術研究採集申請之核發及管理。
五、本區域內保育研究成果之應用及推廣。
六、本區域內危害自然及人文資源案件之認定及處理。
七、本區域內環境監測與公共衛生之管理及生態評估之審議。
八、本區域內進入生態保護區之許可及保育巡查。
九、未來海洋型國家公園籌設之保育研究業務規劃。
十、其他有關保育研究事項。
解說教育課掌理事項如下：一、本區域內公園解說系統與環境教育之規劃設計、執行及監督。
二、本區域內公園解說與環境教育之推廣及研究。
三、本區域內公園研習中心與展示館之設立、人員訓練及管理。
四、本區域內公園解說與環境教育資料之蒐集、編製、貯存及展示。
五、本區域內解說教育視聽媒體之設計及製作。
六、本區域內自然與人文資源保育宣導活動之策劃、執行及遊客解說服務。
七、本區域內保育宣導計畫之研訂及執行。
八、未來海洋型國家公園籌設之解說教育及生態旅遊業務規劃。
九、其他有關解說教育事項。
行政室掌理事項如下：一、秘書、總務、資訊、研考、法制及公關。
二、其他支援服務事項。
管理站掌理事項如下：一、站區域內自然資源之維護、研究及保育。
二、站區域內有關文化古蹟之研究、保存及維護管理。
三、站區域內解說宣導及安全維護管理。
四、站區域內研習中心及各項公共設施之維護管理。
五、站區域內各項急難之救助。
六、其他有關站區域內及鄰近地區之管理。
本處處理業務，實施分層負責制度，依分層負責明細表逐級授權決定。