本辦法依促進轉型正義條例（以下簡稱本條例）第四條第四項規定訂定之。
促進轉型正義委員會（以下簡稱本會）就威權統治時期相關歷史事實，應主動進行真相調查（以下簡稱歷史真相調查），以還原人權受迫害之歷程，並釐清壓迫體制加害者及參與者責任。
為協助本會進行歷史真相調查，相關當事人或專家學者亦得主動向本會提供應調查之事實及證據。
本會依所徵集之檔案資料及相關當事人之陳述辦理歷史真相調查，獨立行使職權，不受任何干預。
本會為辦理歷史真相調查，得以分組或分案方式進行；必要時得指定委員一人擬訂調查計畫，並主持事實之調查及聽取相關當事人之意見陳述。
前項調查計畫應包括下列事項，由本會依本條例第十三條第一項規定作成決議後執行之：一、調查目的及範圍。
二、調查重點。
三、調查對象。
四、調查進度規劃。
五、需要相關機關或人員協助之事項。
本會依本條例規定調查相關事項時，接受調查之有關機關（構）、團體、事業或個人，無正當理由不得規避、妨礙或拒絕調查。
當事人經通知到場陳述事實經過或陳述意見，應以還原人權受迫害之歷程，並協助釐清壓迫體制加害者及參與者責任為主。
本會於當事人陳述時，應注意其情緒及感受，並以自願陳述為原則。
本會為判斷應調查事實與證據及當事人陳述之真偽，得委託鑑定或研究。
前三條之調查結束後，應基於所徵集之檔案資料及當事人之陳述等調查結果，撰寫包括歷史事實之原因分析、經過、影響與加害者及參與者責任等內容之調查報告初稿。
本會應就前項調查報告初稿聽取利害關係人、民間團體及專家學者之意見，並作成紀錄，詳實記載反對意見及相關建議；其不予採納者，應於調查報告敘明不予採納之理由。
調查報告經本會依本條例第十三條第一項規定作成公開之決議，除含有政府資訊公開法第十八條第一項各款限制公開之事項者外，應以公告或網際網路等適當方式公開之。
相關當事人或專家學者就已公開之調查報告，認為應予修正、補充、註記或為其他適當處理，並向本會提供具體事實及證據，本會認有必要者，即應予調查。
依本條例規定所為之調查，除依本辦法規定辦理外，準用促進轉型正義委員會調查程序辦法之規定。