本辦法依財團法人法（以下簡稱本法）第九條、第二十一條第三項、第二十四條第三項、第二十五條第五項、第五十條第二項規定訂定之。
本辦法所稱原子能業務財團法人（以下簡稱財團法人），指依捐助章程規定主要係從事原子能科學與技術之研究、服務及應用等促進原子能和平用途之公益性業務，且其受益範圍非僅及於單一直轄市、縣（市）行政區域，經行政院原子能委員會（以下簡稱本會）許可設立，並向法院登記之全國性財團法人。
財團法人之設立許可及監督管理，應依本法及相關授權規定辦理，並應受其他法令規定所規範。
財團法人申請設立時，其捐助財產總額應足以達成設立目的及業務宗旨，且不得少於新臺幣五百萬元。
前項捐助財產之現金總額比率不得少於百分之四十，其餘得以動產、不動產或有價證券代之。
本辦法施行前已經本會許可設立並於法院登記者，其設立之財產總額不受前二項規定限制。
法院登記之財產總額達新臺幣一千萬元以上之財團法人，應建立內部控制及稽核制度，報本會備查；且財務報表應經會計師查核簽證，並訂定誠信經營規範，報本會備查。
前條之誠信經營規範，應詳訂具體誠信經營之作法及防範不誠信行為方案，包含作業程序、行為指南、教育訓練及檢舉管道等。
前項作業程序及行為指南，應具體規範董事、監察人、執行長、受僱人及實質控制者執行業務應注意事項，其內容至少應涵蓋下列事項：一、行賄及收賄。
二、提供非法政治獻金。
三、不當慈善捐贈或贊助。
四、提供或接受不合理禮物、款待或其他不正當利益。
五、侵害營業秘密、商標權、專利權、著作權及其他智慧財產權。
六、從事不公平競爭之行為。
七、產品及服務於研發、採購、製造、提供或銷售時直接或間接損害消費者或其他利害關係人之權益、健康與安全。
財團法人應定期舉辦教育訓練與宣導，傳達誠信經營之重要性，並得邀請有業務往來之機關（構）或法人團體等人員參與。
財團法人應建立內部檢舉管道並公告內部獨立檢舉信箱或專線，並應指派專責人員或單位受理、調查檢舉案件，檢舉人身分及檢舉內容應保密。
第五條或預算法第四十一條第三項之財團法人，應依附件一、二之範例編製工作計畫、經費預算及工作報告；並依原子能業務財團法人會計處理及財務報告編製準則規定編製財務報表，送本會備查。
政府捐助之財團法人應於前項工作計畫中敘明年度目標。
非屬第一項之財團法人，得參照第一項範例，編製本法第二十五條第一項應送本會備查之資料。
財團法人當年度對個別團體、法人或個人所為之獎助或捐贈在新臺幣十萬元以下者，得不受本法第二十一條第二項規定限制。
政府捐助之財團法人之基金，全部或一部係由依法律設立之公法人捐助或捐贈者，依本法第五十條第一項規定由原捐助或捐贈之公法人推薦代表擔任董事或監察人比例，應占本會遴聘董事或監察人總人數二分之一，並依各公法人捐助及捐贈金額占整體公法人捐助及捐贈金額之比率分配，其非整數時，以四捨五入方式計算。
前項董事或監察人，由各公法人具函向本會推薦代表人選。
異動時，亦同。