本辦法依財團法人法（以下簡稱本法）第六十一條第二項規定訂定之。
科技部（以下簡稱本部）主管政府捐助之財團法人（以下簡稱財團法人），其績效評估、預（決）算之編審、核轉、董事、監察人或監事之兼職費、董事長與其他從業人員之薪資等事項，應依本辦法規定辦理。
財團法人應於每年四月三十日前將當年度績效評估目標及前一年度績效評估結果，提報董事會通過後，送本部辦理績效評估作業。
財團法人應依本法第五十五條規定編製預算。
財團法人應於每年七月三十一日前，將次一年度預算報送本部核轉立法院審議。
前二項財團法人預算應編書表格式除法令另有規定外如附件一。
財團法人應依本法第五十五條規定編製決算。
其財務報表應經會計師查核簽證。
財團法人應於每年四月十五日前，將前一年度決算，連同會計師查核報告報送本部，由本部將決算核轉立法院審議。
前二項財團法人決算應編書表格式除法令另有規定外如附件二。
財團法人之董事、監察人或監事為軍公教人員者，其兼職費之支給，除法令另有規定外，依軍公教人員兼職費支給規定辦理；董事、監察人或監事非為軍公教人員者，其兼職費之支給，得比照軍公教人員兼職費支給規定辦理。
前項兼職費支給基準，應報本部核准。
其變更時，亦同。
財團法人董事長及其他從業人員之薪資支給基準應依本法第五十三條規定，經董事會決議後，報本部核准；修正時，亦同。
前項所稱薪資，指財團法人董事長及其他從業人員，因工作而獲得之報酬，包括工資、薪金及按計件、計時、計日、計月以現金或實物等方式給付之獎金、津貼及其他任何名義之經常性給與均屬之；其支給基準如下：一、董事長、執行長或該等職務之人：在不超過中央部會特任首長待遇範圍內，訂定薪資支給基準。
二、專任顧問或研究、技術及其他專業從業人員：在不超過中央部會比照簡任第十四職等政務副首長待遇範圍內，訂定薪資支給基準。
前項二款人員因羅致不易或具有特殊專長，有每月薪資超過前項所訂薪資支給基準之虞時，應由財團法人函報本部進行審查，且經本部核准後，其薪資支給基準始得超過之。
該審查由本部召集外部專家學者共同衡酌前項二款人員之資格條件、人力市場供需情形等因素為之。
財團法人應自行檢視薪資基準，與本辦法所定不符者，應配合會計年度或新僱用契約修正之。
財團法人應定期檢討各項給與支給基準之合理性，提董事會報告，並報本部備查。
財團法人應訂定人力組織編制規定，定期檢視人力需求，並報本部備查；如有異動時，亦同。