本辦法依水污染防治法（以下簡稱本法）第二十一條第二項規定訂定之。
本辦法所稱廢（污）水處理專責人員，分為甲級及乙級。
本法第二十一條第一項規定事業或污水下水道系統應設置之廢（污）水處理專責人員，應由經中央主管機關訓練合格並取得合格證書者擔任。
事業或污水下水道系統應依附表一所列許可核准廢（污）水產生量規模或原廢（污）水未經處理前所含附表二物質超過放流水標準，或違規情事之條件，設置廢（污）水處理專責單位或專責人員。
依下水道法設置之新開發社區專用下水道，其服務戶數在五百戶以下者，免設置廢（污）水處理專責人員。
事業或污水下水道系統依前條第一項附表一規定應設置廢（污）水處理專責單位者，其員額至少應有廢（污）水處理專責人員三人，包括二名以上甲級廢（污）水處理專責人員，並由其中一名甲級廢（污）水處理專責人員擔任專責單位之主管。
事業或污水下水道系統依第三條第一項規定設置廢（污）水處理專責單位，在同一處所內，得與其依法設置之空氣污染防制專責單位合併設置；且廢（污）水處理專責人員如具備空氣污染防制專責人員之資格，且設置級別均符合法規規定，其人員得互兼之。
事業或污水下水道系統依第三條第一項附表一規定設置之廢（污）水處理專責人員，如具備其他類環境保護專責及技術人員之資格，且設置級別均符合法規規定，在同一處所內，廢（污）水處理專責人員得同時兼任其他類環境保護專責及技術人員。
事業或污水下水道系統員工人數五十人以下者，負責人得兼任廢（污）水處理專責人員。
前項污水下水道系統指依下水道法第八條第二項規定應設置專用污水下水道系統之經指定地區或場所（下稱其他指定地區或場所專用污水下水道系統）為限。
第一項所稱負責人係指水污染防治措施計畫或水污染防治許可證（文件）所登記之負責人或經負責人授權之人。
本辦法施行前，事業或污水下水道系統員工人數超過五十人且負責人已兼任設置為廢（污）水處理專責人員者，應於本辦法施行後六個月內，依規定向直轄市、縣（市）主管機關重新申請核定設置。
二以上之事業共同設置廢（污）水處理設施共同處理廢（污）水，經直轄市、縣（市）主管機關核准者，得共同設置廢（污）水處理專責單位或人員，其應設置之級別及員額，依下列規定之一認定：一、廢（污）水產生量以共同設置事業許可核准之廢（污）水產生量合併計算後依附表一認定。
二、各該事業之一之原廢（污）水未經處理前所含附表二物質超過放流水標準情形。
三、各該事業之一有違反本法經直轄市、縣（市）主管機關認定情節重大處以停工或停業者，於申請復工（業）時。
依前項各款規定認定事業共同設置之廢（污）水處理專責單位或人員有不一致之情形時，以設置級別最高者認定之。
事業或污水下水道系統，依本辦法規定設置廢（污）水處理專責單位或人員時，應同時設置一名以上之代理人。
但符合下列情形之一者，應至少設置二名代理人：一、依規定應設置廢（污）水處理專責單位。
二、依第七條第一項規定，負責人兼任廢（污）水處理專責人員。
事業或污水下水道系統設置廢（污）水處理專責單位或人員之員額，超過依規定應設置之員額者，得扣減其同一級別之代理人之人數。
第一項設置之代理人應具參加同一級別以上廢（污）水處理專責人員之訓練資格。
第一項設置之代理人如有更動時，應於更動日起十五日內向直轄市、縣（市）主管機關重新申請核定設置。
事業或污水下水道系統，依本辦法規定應設置廢（污）水處理專責單位或人員時，應檢具設置申請書並附上廢（污）水處理專責人員之合格證書，及其同意查詢勞健保資料同意書，與代理人具參加同一級別以上廢（污）水處理專責人員訓練資格之學（經）歷證明，及其同意查詢勞健保資料同意書，向直轄市、縣（市）主管機關申請核定設置。
前項申請核定設置，除經直轄市、縣（市）主管機關同意，得以書面方式申請者外，自中央主管機關指定之日起，應採網路傳輸方式辦理。
事業或污水下水道系統得以其委任之代操作營運機構派任具資格之人員，依前條規定向直轄市、縣（市）主管機關申請核定設置為該事業或污水下水道系統之廢（污）水處理專責人員或代理人。
前項除廢（污）水處理專責人員或代理人由代操作營運機構派任外，事業或污水下水道系統仍應負本辦法所定管理之責。
事業或污水下水道系統所設置之廢（污）水處理專責人員，於取得廢（污）水處理專責人員合格證書後，連續三年以上未經核准設置為廢（污）水處理專責人員者，應於到職之翌日起六個月內，依環境保護專責及技術人員訓練管理辦法之規定完成到職訓練。
前項廢（污）水處理專責人員設置屆滿六個月後十五日內，事業或污水下水道系統應檢具廢（污）水處理專責人員完成到職訓練之證明文件，向直轄市、縣（市）主管機關報備。
廢（污）水處理專責人員未於第一項規定期限內完成到職訓練，或事業或污水下水道系統未於前項規定期限內完成報備者，直轄市、縣（市）主管機關應廢止事業或污水下水道系統廢（污）水處理專責人員之設置核定，事業或污水下水道系統並應於十五日內向直轄市、縣（市）主管機關重新申請廢（污）水處理專責人員核定設置。
事業或污水下水道系統依前項規定申請核定設置，不得聘僱取得廢（污）水處理專責人員合格證書後，連續三年以上未經核准設置之廢（污）水處理專責人員。
事業或污水下水道系統於本辦法施行後新設立，第一次申請設置廢（污）水處理專責人員，不得聘僱取得廢（污）水處理專責人員合格證書後，連續三年以上未經核准設置之廢（污）水處理專責人員。
中央主管機關有調整或變更第三條第一項所列附表一或附表二之情形，致事業或污水下水道系統需提升廢（污）水處理專責人員設置級別或增加設置員額時，事業或污水下水道系統應於調整或變更後一年內向直轄市、縣（市）主管機關完成核定設置廢（污）水處理專責單位或人員。
依本辦法規定所設置廢（污）水處理專責人員，應於勞動基準法所定工作時間內常駐事業或污水下水道系統，符合下列條件之一者，廢（污）水處理專責人員應至少一人專職負責第二十二條所定業務：一、應設置廢（污）水處理專責單位之事業或污水下水道系統。
二、應設置甲級或乙級廢（污）水處理專責人員之公共污水下水道系統、工業區專用污水下水道系統。
三、服務戶數達二千戶以上之社區專用污水下水道系統。
四、應設置甲級或乙級廢（污）水處理專責人員且員工人數五百人以上之事業或其他指定地區或場所專用污水下水道系統。
五、三年內有本法所定之情節重大且經處以停工（業），申請復工（業）之事業或其他指定地區或場所專用污水下水道系統。
前項專職係指不得兼任環保法規以外其他法規所定專責（任）人員或從事其他與污染防治無關之工作。
但依第七條第一項兼任廢（污）水處理專責人員之負責人，不在此限。
前項所稱其他與污染防治無關之工作係指未同時擔任其他正職之業務。
依本辦法規定所設置之廢（污）水處理專責人員，因故未能常駐在場者，應備有請假紀錄或其他相關證明文件，以備查閱。
廢（污）水處理專責人員於勞動基準法所定休息、休假規定之日數外，半年內累積超過三十日未到職，或經主管機關查獲一年內三次以上未符合前項規定者，不得再繼續設置為該事業或污水下水道系統之廢（污）水處理專責人員。
事業或污水下水道系統並應於事實發生後三十日內向直轄市、縣（市）主管機關重新申請核定設置。
依本辦法規定所設置之廢（污）水處理專責人員或代理人，不得有下列之行為：一、明知並有意，或預見其發生而其發生並不違背其本意之情形下，違反本法第十八條之一第一項或第二項規定。
二、同一時間設置於不同之事業或污水下水道系統。
但屬依法共同設置者，不在此限。
三、使他人利用其名義虛偽設置。
四、明知為不實之事項而申報不實或於業務上作成之文書為虛偽記載。
事業或污水下水道系統應令依本辦法規定所設置之廢（污）水處理專責人員或代理人，符合下列規定：一、依第十五條規定，監督廢（污）水處理專責人員於勞動基準法所定工作時間內常駐事業或污水下水道系統，並專職負責第二十二條所定業務。
二、依第十六條規定，應備有請假紀錄簿（單），提供廢（污）水處理專責人員因故未能常駐在場時填寫。
該請假紀錄簿（單）應至少保存三年。
三、監督廢（污）水處理專責人員或代理人執行第二十二條所定業務，且不得有前條所定之行為。
事業或污水下水道系統之廢（污）水處理專責人員離職、異動時，事業或污水下水道系統應由設置之代理人代理，並於事實發生後十五日內以書面報請直轄市、縣（市）主管機關備查。
前項代理期間不得超過三個月，代理期滿前十五日內，事業或污水下水道系統應完成同一級別以上之合格廢（污）水處理專責人員核定設置。
第一項廢（污）水處理專責人員應於離職或異動日起三十日內以書面報請直轄市、縣（市）主管機關備查。
第一項廢（污）水處理專責人員異動，係指調離原事業或污水下水道系統廠址或仍於原事業或污水下水道系統廠址，惟未擔任廢（污）水處理專責人員職務。
事業或污水下水道系統之廢（污）水處理專責人員非因離職、異動而因故未能執行業務時，事業或污水下水道系統應由設置之代理人代理。
代理期間連續達十五日以上者，事業或污水下水道系統應於事實發生後十五日內以書面報請直轄市、縣（市）主管機關備查。
前項代理期間不得超過三個月。
但報經該直轄市、縣（市）主管機關核准者，可延長至六個月。
代理期滿前十五日內，事業或污水下水道系統應完成同一級別以上之合格廢（污）水處理專責人員核定設置。
本辦法施行前已核定設置廢（污）水處理專責單位或人員者，應於本辦法施行日起六個月內，完成代理人之設置。
於前項期間內尚未完成代理人設置之事業或污水下水道系統，發生前條第一項及第十九條第一項情形時，應即指定具參加同一級別以上廢（污）水處理專責人員訓練資格之人員，或熟悉廢（污）水處理操作管理之人員代理。
廢（污）水處理專責人員非因離職、異動而因故未能執行業務連續達十五日以上，或離職、異動之情形發生時，事業或污水下水道系統應於事實發生後十五日內以書面報請直轄市、縣（市）主管機關備查；並應於三十日內依規定向直轄市、縣（市）主管機關完成代理人之設置。
廢（污）水處理專責人員或依規定設置之代理人，應執行下列業務：一、協助釐定廢（污）水收集、處理及改善，訂定廢（污）水處理設施故障之應變計畫及緊急措施。
二、水污染防治措施計畫或水污染防治許可證（文件）申請、檢測申報：（一）協助辦理水污染防治措施計畫或水污染防治許可證（文件）變更、展延之申請文件。
（二）協助辦理水污染防治措施及污泥處理改善計畫之申請文件。
（三）依規定之期間及方式，填具檢測申報資料，並簽章確認。
三、廢（污）水操作管理事項：（一）依核發機關核准水污染防治措施計畫或水污染防治許可證（文件）之內容，監督代操作營運機構操作或自行操作廢（污）水（前）處理設施。
（二）簽章確認廢（污）水處理設施之維修及保養。
（三）每日簽章確認監測（視）及連線傳輸設施維持與直轄市、縣（市）主管機關正常連線。
（四）每日簽章確認廢（污）水處理設施之重要參數及電度表、廢（污）水排放之累計讀數。
（五）按次簽章確認廢（污）水處理設施藥品使用量，及污泥之產生、貯存、清運量，每月統計。
四、廢（污）水管線及放流口管理：（一）監督巡檢廢（污）水收集、處理、排放管線，有異常或有非核准之管線，應告知事業或污水下水道系統負責人，並簽章確認。
（二）監督放流口進出道路、採樣平台通暢及告示牌座標標示之正確性及維護情形，並簽章確認。
（三）監督放流口所設置之獨立專用累計型水量計測設施正常運作及校正，並簽章確認。
五、廢（污）水水質檢測管理：（一）監督事業或污水下水道系統所委託之檢驗測定機構依規定進行廢（污）水之採樣。
（二）主動向事業或污水下水道系統告知放流水水質檢測報告之結果及其適法性。
六、其他經直轄市、縣（市）主管機關規定之事項。
事業或污水下水道系統不得以任何方式妨礙、禁止廢（污）水處理專責人員參加中央主管機關指定之在職訓練。
事業或污水下水道系統有下列情事之一者，依本法第四十八條第三項規定處罰：一、未依第三條第一項規定設置廢（污）水處理專責單位或專責人員。
二、事業或其他指定地區或場所專用污水下水道系統，員工人數超過五十人，其負責人已兼任廢（污）水處理專責人員，且未依第七條第四項規定重新申請核定設置。
三、未依第九條第四項規定，於代理人更動日起十五日內向直轄市、縣（市）主管機關申請核定設置。
四、未依第十二條第二項規定檢具廢（污）水處理專責人員完成到職訓練之證明文件，向直轄市、縣（市）主管機關報備。
五、未依第十二條第三項規定，於廢止核定設置日起十五日內向直轄市、縣（市）主管機關重新申請核定設置。
六、未依第十四條規定，於一年內向直轄市、縣（市）主管機關申請核定設置。
七、有第十六條第二項規定不得再繼續聘僱原廢（污）水處理專責人員之情事，於不得再繼續設置之日起三十日內未向直轄市、縣（市）主管機關重新申請核定設置。
八、未依第十八條第一款規定，使廢（污）水處理專責人員違反第十五條第二項規定，兼任環保法規以外其他法規所定專責（任）人員或從事其他與污染防治無關之工作。
九、未依第十八條第二款規定，備有請假紀錄簿（單），或該請假紀錄簿（單）未保存三年。
十、未依第十八條第三款規定執行監督，使廢（污）水處理專責人員或代理人有第十七條之違規情事，或未執行第二十二條規定之業務。
十一、未依第十九條第一項、第二項、第二十條及第二十一條規定，執行代理、報請直轄市、縣（市）主管機關備查及完成核定設置。
十二、有第二十三規定之情形，妨礙、禁止廢（污）水處理專責人員參加在職訓練。
廢（污）水處理專責人員有下列情事之一者，依本法第四十八條第四項規定處罰：一、一年內二次以上未依第十五條第一項規定常駐事業或污水下水道系統，且未依第十六條第一項規定備有請假紀錄或其他相關證明文件。
二、明知並有意，或預見其發生而其發生並不違背其本意之情形下，違反本法第十八條之一第一項或第二項規定。
三、違反第十七條第二款規定。
四、違反第十七條第三款規定。
五、明知為不實之事項而申報不實或於業務上作成之文書為虛偽記載。
六、一年內二次以上未依第二十二條第二款第三目規定，於規定之期間及方式，填具檢測申報資料，並簽章確認。
七、一年內二次以上未依第二十二條第三款第四目或第五目規定之廢（污）水操作管理事項執行業務。
八、違反第二十二條第五款第一目規定，要求委託之檢驗測定機構採樣人員違反採樣方法，採取定期檢測申報之水樣。
前項第一款、第六款及第七款規定所稱之一年內，指本辦法施行後之違規行為，自違規之日起，往前回溯至第三百六十五日止。
依本辦法規定應重新申請廢（污）水處理專責單位或人員核定設置者，其原申請核定設置書自應完成設置之期限屆滿之翌日起，失其效力。
自本辦法施行之日起，環境保護專責單位或人員設置及管理辦法有關廢（污）水處理專責單位或人員之設置及管理規定，不再適用之。