本辦法依植物防疫檢疫法（以下簡稱本法）第十七條第五項規定訂定之。
本辦法所稱自由貿易港區指自由貿易港區設置管理條例第三條第一款所稱之自由貿易港區。
國外檢疫物依本法第十七條第五項規定申請進儲自由貿易港區者，應依本法第十四條第一項第二款公告之檢疫條件辦理。
國外檢疫物進儲自由貿易港區時，輸入人或其代理人應填具申請書，並檢附下列文件，向植物檢疫機關申請檢疫：一、輸出國植物檢疫證明書。
但經植物檢疫機關公告免繳驗者，不在此限。
二、提貨單。
三、貨品進口報單。
四、切結書，及進儲使用計畫或證明文件。
前條第一款輸出國植物檢疫證明書，得免記載收貨人；該植物檢疫證明書所載到達地為第三國家、地區者，植物檢疫機關於檢疫完成後影印留存，正本發還輸入人或其代理人；其有再輸往課稅區之需求，應依本法第十七條第一項規定完成檢疫程序及報關，始得進入課稅區。
國外檢疫物經檢疫合格者，始得進儲自由貿易港區；不合格者，應依本法第十八條、第十八條之一及第十九條規定辦理。
進儲自由貿易港區之檢疫物，植物檢疫機關應派員臨場檢疫。
但免繳驗輸出國植物檢疫證明書者，得採書面審查。