本辦法依動物傳染病防治條例（以下簡稱本條例）第三十二條第四項規定訂定之。
依本辦法執行追蹤檢疫之輸入應施檢疫物，為犬、貓及其他完成隔離檢疫之活動物，且經輸出入動物檢疫機關評估，有追蹤健康狀況以確保檢疫安全之必要者。
輸入應施檢疫物需於輸入後進行追蹤檢疫者，輸出入動物檢疫機關應於檢疫合格放行後三日內，將該批應施檢疫物之資料，通知該批應施檢疫物飼養所在地之動物防疫機關（以下簡稱動物防疫機關）辦理追蹤檢疫。
動物防疫機關接到前項通知，應立即聯繫應施檢疫物所有人或管理人，並派員前往查核。
應施檢疫物所有人或管理人不得規避、妨礙或拒絕。
第一項應施檢疫物之資料，包括品種、年齡、性別、數量、飼養地點、隔離期間處置相關資料及檢疫物毛色、照片、刺青、耳標或晶片號碼之可資識別特徵，由輸出入動物檢疫機關視應施檢疫物種別及實際情形填載之。
追蹤檢疫期間自放行日起三個月，動物防疫機關應每月派員前往查核該批應施檢疫物之健康狀態。
輸入應施檢疫物為犬貓者，得由所有人或管理人依動物防疫機關所定時間將犬貓送至指定地點接受查核。
動物防疫機關辦理犬貓追蹤檢疫查核，得委託所在地獸醫診療機構辦理。
追蹤檢疫期間，應施檢疫物應由專人集中飼養管理。
其他動物與應施檢疫物合併飼養者，應一併納入觀察。
追蹤檢疫期間，應施檢疫物飼養地點或所有人、管理人發生異動，應施檢疫物所有人或管理人應於異動前七日內通知動物防疫機關。
異動後飼養所在地為其他直轄市或縣（市）者，應由動物防疫機關通知異動後所在地動物防疫機關，並副知輸出入動物檢疫機關。
追蹤檢疫期間，應施檢疫物有下列情形之一者，其所有人或管理人應立即向動物防疫機關報告。
動物防疫機關接獲報告後，應派員前往檢驗診斷及採取必要之處置，並視其情形通報輸出入動物檢疫機關：一、罹患動物傳染病。
二、疑患動物傳染病。
三、因病因不明死亡。
追蹤檢疫期間，應施檢疫物有下列情形之一者，其所有人或管理人應於事實發生日三日內向動物防疫機關報告。
動物防疫機關接獲報告後，得視其情形採取必要之處置：一、失蹤。
二、因前項以外原因死亡。
動物防疫機關應於追蹤檢疫期滿後十日內，填報輸入應施檢疫物追蹤檢疫報告表通知輸出入動物檢疫機關。