本辦法依農田水利法（以下簡稱本法）第十八條第三項規定訂定之。
主管機關得視農田水利事業區域之地理環境、水源分配、灌溉排水設施及經濟效益，於行政院農業委員會農田水利署內設置灌溉管理組織。
前項灌溉管理組織定名為管理處，並冠以其所在地區、水系或埤圳之名稱。
灌溉管理組織辦理事項之範圍如下：一、農田水利用水調配及管理。
二、灌溉用水秩序維護及水利小組業務輔導。
三、農田水利設施興建、管理、改善及維護。
四、農田水利設施災害預防及搶救。
五、灌溉管理組織內專任職員之人事管理。
六、農田水利事業作業基金所屬資產管理及收益。
七、主管機關及行政院農業委員會農田水利署交辦事項。
灌溉管理組織內設組、室，最多不得超過八個，依業務設工務、管理、財務、總務四組及人力資源、主計、輔導、資訊四室，組、室並得分股辦事。
業務較簡之灌溉管理組織得合併組、室或置專人辦理之。
灌溉管理組織因業務需要，得將總務組或資訊室併入其他組、室，並增設新組、室；新組、室名稱不受前項規定之限制。
灌溉管理組織事業區域之灌溉排水面積超過五萬公頃者，得設分處，其職掌如下：一、工作站之監督指導。
二、用水之調整。
三、水利糾紛之處理。
四、農田水利事業改善之建議。
五、灌溉管理組織交辦事項。
灌溉管理組織應在灌溉排水面積二千公頃以上四千公頃以下之範圍，設一工作站。
但有下列情事之一者，得不受面積之限制：一、業務性質特殊。
二、灌溉面積分散。
三、區域隔離或交通不便。
工作站之職掌如下：一、小給水門、小排水門以上灌溉排水設施之維護、管理、歲修、改善、違規取締及防汛之搶險。
二、小給水門、小排水門以上引水、輸水、分水之管理及調節。
三、水利小組工作之指揮考核。
四、水利糾紛之協調處理。
五、水利政令及灌溉制度之推行。
六、灌溉水質之監視處理。
七、灌溉計畫之擬訂及執行。
八、灌溉排水面積及其地籍資料之調查。
九、灌溉管理組織交辦事項。
灌溉管理組織得置副處長一人、主任工程師一人、專門委員、組長、室主任、工程師、副工程師、助理工程師、工程員、管理師、副管理師、助理管理師、管理員、專員、副專員、組員、辦事員及技術工各若干人；農田水利會組織通則中華民國一百零一年二月一日修正生效前，由直轄市主管機關主管之農田水利會改制，而設置之灌溉管理組織（以下簡稱直轄市管理處），並得置助理員。
灌溉管理組織之員額編制，由主管機關依下列各款規定核定：一、直轄市管理處之員額編制，於五十人之員額以下，依業務需要設置。
二、非直轄市管理處之員額編制，依灌溉排水面積計算，每一百五十五公頃置一人為原則，並依業務需要設置。
灌溉管理組織編制內人員，除處長、副處長、主任工程師、專門委員、組室主管外，其總員額比率如下：一、灌溉管理人員：百分之四十至四十八。
二、灌溉工程人員：百分之二十六至三十四。
三、一般行政人員：百分之十八至二十六。
四、技術工：百分之八至十六。
直轄市管理處之總員額比率，依業務需要配置，不受前項規定之限制。