本辦法依農業保險法（以下簡稱本法）第十七條規定訂定之。
農會、漁會擔任保險人或再保險人，應設立獨立會計，記載各該品項農業保險之業務及財務狀況，並成立專戶，依品項分帳管理，其資金來源如下：一、個別品項農業保險之保險費、再保險費收入。
二、資金孳息及運用收益。
三、各種準備金。
四、政府補助款。
五、其他收入。
前條專戶之資金，應專款專用於下列事項，各品項間不得流用：一、辦理農業保險理賠。
二、辦理農業保險所需管理費用。
三、辦理農業保險業務查核、輔導推廣及教育訓練經費。
四、其他推動農業保險業務費用。
農會、漁會辦理農業保險之核保，應注意下列事項：一、確實審閱要保人、被保險人之簽章、簽署及填報內容。
二、確認要保人身分與其確有投保、確認被保險人身分與其確有同意。
三、不得有損害要保人、被保險人或受益人權益之情事。
農會、漁會辦理農業保險之理賠，應依保險商品內容，就約定事項、標的物生長狀態或受損程度等，予以評估理算，不得有損害被保險人權益之情事。
農會、漁會不得由最近五年內曾經涉及不法或其他不誠信、不正當之行為經刑事判決確定者，辦理核保、理賠業務。
農會、漁會辦理農業保險業務，為維持有效之內部控制及稽核制度運作，應配合採行下列措施：一、自行查核制度：由經辦單位人員相互查核業務實際執行情形。
二、內部稽核制度：指定專人（下稱專責人員）負責查核並評估自行查核辦理績效，包括一般查核及專案查核。
農會、漁會辦理自行查核，應由經辦單位主管指派非原經辦人員辦理，並事先保密，以便及早發現經營缺失並適時予以改正。
辦理前項自行查核之人員，應編制工作底稿並作成自行查核報告。
自行查核報告經單位主管核章後陳報總幹事；有違反法令規章之缺失事項，應提報理事會討論具體改善辦法，作成決議，立即執行，並由監事會監察。
農會、漁會辦理內部稽核，應至少每年辦理一次一般查核，並依實際需要辦理專案查核。
專責人員執行業務應本誠實信用原則，克盡專業上應有之注意義務，執行職務應採不預告方式，保持超然獨立之公正態度，對於稽核資料應加以保密，且不得有下列情事：一、逾越稽核職務範圍以外之行為或有其他不正當情事。
二、對於所取得之資訊，對外洩漏或不法圖利或侵害農業保險業務經辦單位之利益。
三、對於以前執行之業務或與自身有利害關係案件未予迴避，而辦理該等案件或業務之稽核工作。
四、收受職員或客戶之不當招待、餽贈或其他不正當利益。
專責人員執行稽核工作時，受檢人員應密切配合並提供必要之資料，以利稽核工作之進行。
專責人員執行內部稽核，應將所獲資料記錄於工作底稿上，並撰寫內部稽核書面報告，揭露下列事項：一、查核範圍、自行查核辦理情形及有違反法令規章之缺失事項。
二、就主管機關或其委託之檢查機關所列檢查意見，或自行查核人員查核缺失事項，相關改善情形。
前項稽核採用抽查方式辦理時，並應將抽查方式、起訖期間或保單號碼及檢查範圍註明於工作底稿，以明責任。
內部稽核書面報告應陳總幹事提報理事會、監事會；有違反法令規章之缺失事項，應由理事會討論具體改善辦法，作成決議，立即執行，並由監事會監察。
農會、漁會辦理農業保險業務，應建立清楚適當之法令規章傳達、諮詢及溝通管道，俾員工對於法令規章之疑義得迅速釐清。
主管機關得就下列事項，編列預算支應所需費用：一、委託金融監督管理委員會檢查農會、漁會辦理農業保險業務。
二、委託其他機構輔導農會、漁會辦理農業保險業務。